有機肥和生物菌肥是有顯著區別的。
生物菌肥具有活性，有機肥料是不具備的。
生物菌肥含有活性菌，而有機肥不含。
有機肥是營養最全面，肥效最長的肥。生物菌肥是菌不是肥，是一種活的菌，能繁殖大量有益微生物。
有機肥和生物菌肥主要區別在於有機肥添加菌的菌的含量（1）有機肥。俗稱農家肥，主要來源於植物和（或）動物，施於土壤以提供植物營養為其主要功能的含碳物料。經生物物質、動植物廢棄物、植物殘體加工而來，消除了其中的有毒有害物質，富含大量有益物質。2生物菌肥是根據土壤微生態學原理、植物營養學原理、以及現代“有機農業”的基本概念而研製出來的。微生物肥料是以活性（可繁殖）微生物的生命活動導致作物得到所需養分（肥料）的一種新型肥料生物製品，是農業生產中肥料的一種，微生物菌肥，含有多達十餘種高效活性有益微生物菌，適用於各種作物使用，可活化養分，提高養分利用率，具有廣普性。
生物菌肥含有活性菌，而有機肥沒有。
1）生物有機肥價格便宜，每噸在1000多元左右；生物菌肥價格昂貴，每噸上萬元。2）生物有機肥含有功能菌和有機質，能改良土壤促進被土壤固定養分的釋放；生物菌肥只含有功能菌，通過功能菌來促進土壤固定肥料的利用。3）生物有機肥的有機質本身就是功能菌生活的環境，施入土壤後容易存活；而生物菌肥的功能菌可能不適合有的土壤環境。
生物菌肥是在有機肥料基礎上加工再加入各種微生物菌及中微量元素。有機肥料是沒有經過高温處理的。
有機肥和生物菌肥主要區別在於有機肥添加菌的菌的含量，目前常見的有機肥添加菌有沃寶功能性菌劑和沃寶防土傳病害菌。沃寶功能性菌：採用多種具有固氮、解磷、解鉀功能的微生物菌種，經科學配方及新生產工藝複合而成。沃寶防土傳菌：可抑制土壤中有害微生物的放線菌，以及可寄生在土壤中根結線蟲、胞囊線蟲的真菌等有益微生物。
有機肥能補充土壤養肥，特別是有機質，培肥土壤，但不含活性菌，生物菌肥含有活性菌，能活化土壤，提高土壤肥力，刺激作物根系生長。
