1、有機肥含有大量有機質，具有明顯的改土培肥作用，化肥只能提供無機養份，長期使用對土壤造成不良影響，土壤越來越饞。2、有機肥養分含量低，需要大量深入，而化肥養分含量高，使用量少。3、有機肥肥效時間長，化肥肥效短而猛。易造成養分流失。4、有機肥含有大量有益微生物，可以促進土壤中生物轉化過程，土壤肥力不斷提高，化肥抑制微生物的活動，導致土壤的自動調節能力下降。
化肥養分含量高，肥效快，但養分單一，長期使用會造成土壤板結，有機肥養分含量全，但養分含量低，肥效慢，長期使用對土壤好處多。
化肥也稱無機肥料，有機肥又稱為農家肥料。
有機肥能培肥地力，改善土壤結構，化肥只能提供無機養分。
化肥是化學合成製造的，過量使用化肥對土壤結構造成破壞。有機肥是利用作物秸杆或人畜糞尿含有機質可改善土壤，培肥地力。
有機肥可以增加土壤的有機質改善土壤結構，肥效較慢。化學肥料含量高肥效快，但長期使用使土壤板結而且造成污染。
