挺甜瓜菌核病可以農業防治與化學防治相結合來進行防治。
選擇抗病品種，輪作，化學防治。
加強水肥管理，及時防治病蟲害。
種前實行深翻，使菌核不能萌發；實行輪作，未發病的温室或大棚忌用病區培育的幼苗，育苗土要行藥劑消毒，防止菌核隨育苗土傳播；
首先在播種前要實行土深翻，這樣能使菌核不能萌發，要實行輪着操作，要及時把大棚內的雜草清除千淨，幼苗要沒病菌的大棚裏培育，防止菌核隨着育田土傳播，有條的話，最好覆蓋地膜，抑制菌核萌發及轉變成囊盤出土，如果發現了囊盤要及時剷除掉，並且要集中銷燬。還必須要注意通風排濕，減少菌核傳播蔓延。藥劑防治:每畝地用10%進克靈煙劑250∽300克薰1夜，這種做法是在發病初期。
（1）注意通風排濕，生長期及時清除基部老黃病葉及病株。（2）在早春子囊盤萌發剛出土時，結合中耕管理及時剷除子囊盤，減少初侵染源。（3）發病初期隨時清除染病組織並及時進行藥劑防治，晴暖天氣可選用50%多菌靈可濕性粉劑500倍液，或40%菌核淨可濕性粉劑500倍液，或50%腐黴利可濕性粉劑1000倍液，或50%異菌脲懸浮劑1000~1500倍液噴霧，5~7天防治一次，防治2~3次。有條件的可用上述藥劑的粉塵劑噴粉或採用常規煙霧施藥防治。
防治方法：（1）農業防治。①甜瓜收穫後及時仔細清除病殘體，深翻土壤，將遺漏的菌核深埋在土壤深層使之不能萌發出土。病重棚室進行土壤處理。②冬春季棚室注意通風排濕，生長期及時清除基部老黃病葉及病株。③在早春子囊盤萌發剛出土時，結合中耕管理及時剷除子囊盤，減少初侵染源。（2）化學防治。發病初期隨時清除染病組織並及時進行藥劑防治，可選用65%甲黴靈可濕性粉劑600倍液，或50%多黴靈可濕性粉劑700倍液，或40%菌核淨可濕性粉劑1200倍液，或45%特克多懸浮劑1200倍液，或10%寶麗安可濕性粉劑800倍液噴霧，7～10天防治1次。有條件的選用上述藥劑的粉塵劑噴粉或採用常規煙霧施藥防治效果更理想。
做好田間管理及病蟲害防治工作。
選擇抗病菌品種，土地輪作，科學防治。
加強水肥管理，前期處理是關鍵。
