油菜菌核病防治在實行農業防治的同時，及時採用化學、藥劑防治是控制和減輕菌核病危害的關鍵性技術措施，根據多年經驗，為確保防病效果，必須吃準用藥期，選準藥劑，採取正確的用藥方法。目前常用的主要藥劑品種有多菌靈、菌克靈、菌核淨、託布津以及各種殺菌劑復配農藥。由於油菜菌核病易感病的是開花期，即掌握在初花期用好第1次藥非常重要，7-10天后用好第2次藥，2次藥後若遇連續陰雨天，還應設法用好第3次藥。
可用咪鮮胺，多菌靈，腐黴利，戊唑醇等交替使用防治。同時建議加入蕓薹素和微肥，以提高植株抗病和生長能力。由於農藥企業生產工藝，含量，隱性成份，所以請根據病情到當地經銷商尋求理想的殺蟲劑和更好的解決方案。
