剛收穫的鮮洋葱含水量較大，貯藏不當就會造成一定的損失。提醒廣大菜農，新採收的洋葱需在田間攤曬或在室內攤晾，在此條件下，可貯8個月。根據貯藏期長短可選用不同的貯藏方法，如筐貯、垛藏、沙藏、掛藏、冷庫貯藏、氣調貯藏和輻射貯藏等。因洋葱適應冷涼乾燥的環境，要求貯温保持0～1℃，相對濕度低於80%（適宜範圍為65%～70%），才能比較理想地減少貯藏中的損耗，延長貯藏期。
冷藏法
採用冷藏庫貯藏是目前貯藏洋葱較好的方式，即在洋葱脱離休眠前將室外蔭棚內用筐或垛貯的洋葱轉入冷藏庫，用筐裝碼垛貯藏，或裝入編織網袋內架藏，維持庫內温度0～1℃，可以貯藏至次年5月。如冷藏庫內濕度較高，鱗莖常會長出不定根，且腐爛率增高，因此管理上要注意保持相對濕度不要超過80%。
氣調貯藏
先在清理消毒的地窖或地下室內鋪一層規格大於垛底，厚約0.14～0.23毫米的薄膜作帳底，上撒10～15千克消石灰，墊上2～3層磚，在上面碼放木箱，每木箱裝充分乾燥的洋葱17.5千克。木箱可碼成長方形，長6箱，寬4箱，二層共放840千克左右。然後罩上與垛大小相等的薄膜帳子，將帳子與薄膜一起捲起，用磚或土壓緊。帳子四周如有抽氣孔、通風口也要紮緊，這樣構成一個緊閉的貯藏系統。封帳後，垛內洋葱由於呼吸作用，氧氣逐漸減少，可以達到缺氧貯藏的目的。一般氣調貯藏，帳內氧的含量指標為1%～3%，二氧化碳含量為5%～10%。在貯藏過程中每隔25～30天檢查一次，揀出病爛洋葱，繼續貯藏。
