檸檬樹冠由主幹、主枝和各級枝梢組成。枝幹起着支撐樹冠的作用，上連芽、葉、花、果，下接根系，是樹體營養物質、水分和激素上下交流的通道。木質部的導管是輸送水分和無機營養的通道；皮層韌皮部的篩管是輸送有機物質的通道。枝幹還起着貯藏營養的作用。樹冠上1～2年生的枝梢皮層含葉綠素，可以進行光合作用，生產有機物質。
從根頸到第一個主枝分杈點間的樹幹部分稱為主幹，直接着生在主幹上的大枝稱為主枝，主枝上着生的大枝稱為副主枝，着生在主枝或副主枝上的各級小枝稱為側枝；着生葉、花、果的側枝稱為梢、結果母枝、結果枝。檸檬的枝，由芽抽生、伸長髮育而成，是增加葉面積、開花結果的基礎。檸檬的枝梢由於頂芽的自剪，使主幹易分枝。檸檬樹體，一年抽梢3～5次，但在優越的生長環境下，可達6～8次，可促使枝梢繼續生長，枝梢強壯、營養旺盛，長度達0.5～1.3米長，不易形成花芽分化，難以開花掛果。
檸檬植株生長旺盛，幼樹年枝梢抽發6～8次，一年四季中檸檬抽梢主要集中在第二季度、第三季度，每次抽梢時間間隔在20～38天。春梢抽發3次梢，夏梢抽發3次梢，秋梢、冬梢2次。楊恩聰研究認為，檸檬未自剪抽生的梢，節間長達2.5釐米左右，頂端優勢突出。僅抹除頂芽促分枝，檸檬幼樹每次抽梢均較長，易形成樹冠內堂空隙、樹體高大、結果部位外移，易造成園內廕庇，病蟲害防治及田間管理困難；短截促分枝，短截口易發生流膠病，樹體營養損失較大導致樹體早衰。生產上，在枝梢生長期，檸檬幼樹新梢6～8片完全葉時，新梢的芽上方留0.1～0.3釐米、0.5～0.7釐米、0.9～1.1釐米的樁進行摘心，均有利於枝梢的抽發和結果母枝、花蕾量、掛果量的增加。芽上留0.1～0.3釐米摘心、芽上留0.5～0.7釐米摘心、芽上留0.9～1.1釐米摘心處理2年平均每畝產量是對照CK的2.2倍，19.8倍和20.5倍，芽上留0.9～1.1釐米摘心處理最高平均單產301.4千克/畝，自剪處理最低平均單產14.6千克/畝（CK），其中以留樁0.5～0.7釐米和0.9～1.1釐米效果最佳。
檸檬的梢依發生時期可分為春梢、夏梢、秋梢及冬梢。由於季節、温度、雨量和營養吸收的不同，各次新梢的形態和特性各異。若以一年中是否繼續抽生來區分，枝梢又分為一次梢、二次梢和三次梢。一年只抽一次的稱一次梢，如春梢、夏梢和秋梢；二次梢是一年抽二次的梢，如春梢上當年再抽夏梢，稱春夏梢，夏梢上當年再抽秋梢，為夏秋梢等。一年抽三次的梢系三次梢，如春梢上當年抽夏梢，夏梢上當年又抽秋梢，稱春夏秋梢。以生長結果與否來區分，枝梢又可分為徒長枝、生長枝、結果母枝和結果枝。
檸檬的生長枝又稱營養枝，凡不着生花果的枝和無花芽的枝都稱營養枝，良好的營養枝可轉化為結果母枝。徒長枝，是營養特別強旺的營養枝，其枝和節間都長，有刺，葉大而薄，因其影響樹幹生長和干擾樹形，除用作填補樹冠空缺外，應儘早將其都去除。結果母枝是指抽生結果枝的梢。結果枝是指結果母枝上抽生帶花的梢(枝)。結果枝分為兩型花葉俱全的稱有葉結果枝，有花無葉的稱無葉結果枝。按花着生的情況分，結果枝分為無葉頂花枝、無葉花序枝、有葉頂花枝和有葉花序枝。無葉頂花枝，花枝頂端着生單花，枝短縮，各類母枝均可抽生。此類枝，花量最多，坐果率雖不高，但相對着果數仍較多。無葉花序枝，枝短縮，其上着生多朵花蕾，但畸形花多，易落蕾、落花，通常頂端花為好，具發育快，開花早，坐果率高。有葉頂花枝，新梢頂端生一朵單花，具有葉片，此類花枝所佔比例小，但坐果率高。有葉花序枝，具葉片，有花蕾數朵，呈叢狀着生，多由夏、秋梢枝中部芽抽生，坐果率極高，但它佔的比例極小。
1、春梢：一般在立春至立夏前(2～4月)抽生的枝梢稱春梢。一般春梢抽吐整齊，數量多，枝條較短，節間密而充實，葉片較小。自露芽至枝葉充實通常需30～60天。樹冠外層的春梢可以繼續抽吐夏、秋梢，生於樹冠葉幕層中下部的春梢可以形成翌年的結果母枝，在種植氣候條件優越的地區春梢可形成夏果的結果母枝。隨着樹齡增加，結果母枝的着生位置不斷向樹的上部及外部轉移。檸檬樹春梢、秋梢的數量和質量對檸檬的生長和結果特別重要。因此，栽培檸檬要特別注意春梢和秋梢的培育，並在修剪時特別注意保護樹冠葉幕中下層的帶葉春梢、秋梢，並適當疏刪樹冠頂部的徒長枝及過密枝，以改善樹冠中下部的光照和通風條件。
2、夏梢：一般在立夏至立秋前(5～7月)陸續抽生的枝梢稱夏梢。夏梢抽吐時間先後不一，生長不整齊，枝條粗、長，節間較長，葉大，葉色較淺。幼樹可以利用夏梢迅速擴大樹冠。衰老樹可以利用部分夏梢復壯更新枝羣。青壯年結果樹的夏梢抽吐生長期正處於生理落果階段，如夏梢多，往往因夏梢爭肥爭水而造成對檸檬果實的生長和質量的影響，嚴重時甚至落果，一般都通過人工抹除和少施氮肥來壓制夏梢抽生。
3、秋梢：一般在立秋至立冬前(8～10月)抽生的枝梢稱秋梢。秋梢抽吐較夏梢整齊，數量也較多，枝梢形態則介於春、夏梢之間。培育健壯的秋梢，可以擴大樹冠和製造更多光合產物供檸檬花芽分化的需要，健壯的秋梢對檸檬樹體保葉、安全越冬非常重要。秋梢是雲南檸檬產區成年結果樹主要結果母枝。
4、冬梢：一般在立冬至冬至(11～12月)抽生的枝條稱冬梢。我國四川檸檬產區極少抽生，雲南德宏地區檸檬產區仍然正常抽生，枝條短，轉綠時間長，春季多數能開花結果，注意保水保肥，不影響樹冠內春梢結果母枝的花芽分化，仍然具有使用價值。但在四川產區，一般多予以抹除，因冬季遇寒潮，降雪凝霜時，冬梢被凍死。
