玉米種子安全貯藏的關鍵是提高入口質量，降低種子水分。玉米種子入庫前，必須使水分降至14%以下。玉米種子貯藏後，要經常檢測種子的質量，準確掌握因庫內温度變化而引起的種子變化，必要時採取防止種子發生黴變的措施。玉米種子貯藏一般有粒藏法和穗藏法。
1、粒藏法。即脱粒玉米入倉貯藏。此法倉容利用率高，要求嚴控種子入庫水分，入庫後嚴防種子吸温回潮，在一般倉庫，種子含水量不能超過13%；低温密閉，含水降至安全標準以內的玉米種子，在冷天入倉或冷天通風降温後，堆面蓋席或麻袋，再覆蓋乾淨無蟲的大豆(4773,27.00,0.57%)稈、麥糠、幹沙、棉毯等密閉貯藏，可使種子長期地處低温狀態，減少蟲黴危害。
2、穗藏法。一般相對濕度低於80%的地區以穗藏為宜，新收穫的玉米果穗，穗軸內的營養物質可繼續運送到子粒內，使種子達到充分成熟，且可在穗上繼續進行後熟；穗與穗間孔隙度大，便於空氣流通，堆內濕氣較易散發，高水分玉米有乾燥不及，經冬季自然通氣，可將水分降至安全水分內，至第2年春季即可脱粒，再進行密閉貯藏。
貯藏方法的選用可根據種子質量、當地的氣候條件和倉房條件進行選擇。一般相對濕度低於80%的地區以穗藏為宜，超過80%的地區，則以粒藏為宜。
