1、生理性病害。（1）西紅柿缺鈣時進行光呼吸作用產生了多種有機酸，其中的草酸可以引起西紅柿中毒發病。（2）温度比較高時，葉片因蒸騰量比較大會把本輸送到果實的水分吸收，導致西紅柿失水組織壞死。2、病蟲害。（1）温室的濕度容易誘發灰黴病，病菌從器官和花器侵入導致爛果。而且黴菌會引發晚疫病，病菌會四處隨着風和水傳播穿插感染健康的植株。（2）在秋季和高温乾旱時，病毒會靠蚜蟲傳播讓西紅柿果實呈現花臉或爛掉，是發生比較普遍損害較重的病毒侵染病毒病。（3）在高温多濕的條件下害蟲損害棉鈴蟲以幼蟲蛀食果實，一年發生34代，每一代都損害西紅柿。
造成西紅柿發生爛果的病害主要有絲核菌果腐病、綿腐病、綿腐病、綿腐病和鐮刀菌果腐病，這些病害都會造成西紅柿出現爛果現象。
