蔬菜地經常施用化肥有諸多害處，既影響蔬菜品質，又會對土壤造成損害。因此，應儘量減少化肥的用量，做到與有機肥料配合施用。
施肥對蔬菜的污染主要有兩個途徑：一是通過肥料中所含有的有害物質，如重金屬、病原微生物、毒氣等直接對蔬菜或土壤的污染；二是通過施入大量氮素肥料造成蔬菜體內硝酸鹽的過量積累。因此，綠色蔬菜生產中使用肥料的原則是必須使足夠數量的有機物質返回土壤，以保持增加土壤肥力及土壤生物活性，並不會對環境和作物(營養、味道和植物抗性)產生不良影響。針對施肥對蔬菜污染的兩個途徑，在施肥上應注意以下幾點：
綠色蔬菜用肥上應選用農家肥商品肥料應首先選用商品有機肥，腐植酸類肥料，微生物肥料，半有機肥料及含磷、鉀、鈣、硫的無機肥料。
重施有機肥有機肥不會導致蔬菜硝酸鹽的累積，還能提高蔬菜的品質。有機肥最好是經高温堆漚或沼氣發酵腐熟後施用，這樣可殺死病菌和蟲卵，減少農藥的施用量，提高蔬菜的產量和品質。施用沼氣肥生長的蔬菜，是最佳的無公害蔬菜。
不施或少施硝態氮肥硝態氮肥及含有硝態氮的複合肥，容易使蔬菜積累硝酸鹽，所以不宜在蔬菜上使用，可選用銨態氮肥和酰銨態氮肥，如硫酸銨、碳酸氫銨、尿素等。
控制氮肥用量蔬菜中硝酸鹽的累積隨氮肥施用量的增加而增加。每畝施氮量應控制在30公斤內，其中70％～80％應用作基肥深施，20％～30％用作苗肥深施。氮肥要早施深施氮肥作基肥或苗期追肥施用，有利於蔬菜早生快發，利於降低土壤和蔬菜體內硝酸鹽的累積。氮肥深施到10～15釐米的土層中，可減少氮素的損失，提高氮肥利用率。在深層土壤，土壤空氣處於嫌氣條件，硝化作用緩慢，可減少蔬菜對硝酸鹽的累積。
因地、因季節施肥肥力高，富含有機質的土壤，蔬菜易積累硝酸鹽，應禁施或少施氮肥。低肥菜田，蔬菜積累的硝酸鹽較輕，可施氮肥和有機肥以培肥地力。一般菜地，如採取測土平衡施肥，既有利於優質高產，又使蔬菜不易積累硝酸鹽，還有利於培肥地力。夏秋季氣温高，不利於積累硝酸鹽，可適量施氮肥。冬春季氣温低，光照弱，硝酸鹽還原酶活性下降，容易積累硝酸鹽，應不施或少施氮肥。此外，氮肥與鉀肥配合施用，能促進蛋白質的合成，減少體內硝酸鹽的含量。
因菜施肥不同種類的蔬菜，吸收積累硝酸鹽的程度不同，白菜類及綠葉菜類蔬菜容易積累硝酸鹽，不能使用硝態氮肥；茄果類、果菜類和根菜類蔬菜，對硝酸鹽積累較少，可適當施用，但在收穫前15～30天應停止施用硝態氮肥。葉菜類蔬菜切忌葉面噴施氮肥氮肥作葉面肥直接與空氣接觸，銨離子易變成硝酸根離子被葉子吸收，硝酸鹽積累增加。因此，無公害葉菜類生產中應禁止葉面噴施氮肥，尤其是在收穫前1個月不能葉面噴施氮肥。
不用污水澆灌污水澆灌蔬菜，易被污染。凡是工廠、礦山排出的污水，含有較多的氯、砷、錫、鉛等有毒物質，應禁止用來澆菜。城市生活污水要做無害化處理，殺死病菌、蟲卵後，與清水混合使用。
