1、肥胖菇菌蓋肥大，菌柄粗短。
發生原因：①菌種塊上出菇；②搔菌過晚或現蕾後搔菌；③料面乾燥，菇蕾稀少或只在沿袋壁四周出現少量菇蕾。
預防措施：①適時搔菌，刺激料面同步現蕾；②在菇蕾出現後再撐開袋筒，防止料面乾燥；③在沿袋壁四周見有菇蕾時，將其壓死，防止肥胖菇發生。
2、針頭菇無菌蓋，菇體似針頭狀。
發生原因：二氧化碳濃度過高，只長菌柄，不長菌蓋。
預防措施：加強通風，降低空氣中二氧化碳濃度。
3、水菇似水浸樣，顏色發暗，呈半透明。
發生原因：噴水過多，温度過高，蒸騰作用減弱，水分滯留菇體。
預防措施：定期通風，減少噴水，保持空氣相對濕度75%~80%為宜。
4、疲軟菇菇體軟而不挺直。
發生原因：温度偏高，且缺氧。
預防措施：①預防高温；②做好馴養抑制，在低温、乾燥、通風條件下，使幼菇生長整齊、堅實、無水跡。
5、扭曲菇菇柄彎曲或扭曲，有時呈麻花狀。
發生原因：菇棚內光照方向多變。
預防措施：設置頂光，遮蓋四周光源，促使菇柄朝一個方向伸長。
6、側生菇在袋壁四周長出菇體。
發生原因：裝料鬆，尤其是較為鬆軟的培養料，培養後期，在袋壁與培養料之間出現間隙，一旦生理成熟，往往形成側生菇。
預防措施：將料裝緊壓實，上下均勻，使料緊貼袋壁；對已形成的側生菇壓死，防止營養消耗。
7、早開傘菌蓋過早展開或脱落。
發生原因：①培養料含水量不足；②袋簡短，菌柄很快長出袋口，供氧過量，且温度又偏高。
預防措施：注意補水；適當控制袋內二氧化碳濃度，加套薄膜袋；温度高時做好降温。
8、菌柄基部聯結
發生原因：在提升袋口薄膜抑制菌蓋生長時，因薄膜透氣性小，袋筒內氧氣不足，導致菌柄基部絨毛增多，柄與柄之間發生聯結。
預防措施：將袋口薄膜分次翻折，增加袋筒內含氧量；在幼菇長到1~2釐米時，把袋口翻折，使袋筒高出料面4~5釐米，待長到5~6釐米時，再全部拉直袋筒，增高二氧化碳濃度，讓菌柄儘快伸長。
