向日葵主要有菌核病，鏽病。
向日葵病毒性病害的主要病症是向日葵花葉病毒病，該病症對向日葵的生長髮育影響很大，且易造成大面積的染病，直接影響到了向日葵的產量。向日葵花葉病毒病發病初期是系統花葉呈褪綠環斑、葉柄及莖以上的褐色壞死條斑。嚴重則造成植株頂部枯死，頂部小葉扭曲，花盤變形，種子癟縮。
向日葵病蟲害發生率較低，主要病害為白粉病、黑斑病、細菌性葉斑病、鏽病（盛行於高濕期）和向日葵螟等。感病後，清除病葉和殘株，集中燒燬；在發病初期，可用50%甲基託布津可濕性粉劑500倍液噴灑或用等量式波爾多液防治。
