在疾病得到正確診斷以後，如何合理使用藥物便成為了一個重要問題，為了徹底治癒疾病，選用藥物時必須以獸醫藥理學理論為指導，結合獸醫臨牀實際經驗，依據動物病情，合理選擇。
合理用藥要注意以下事項：
1．正確診斷，對症下藥正確診斷是合理用藥的先決條件，每一種藥物都有其適用症，針對患病動物的具體病情，選用安全、可靠、方便、價廉的藥物，反對盲目濫用藥物。
2．制定適宜的給藥方案根據病情、用藥目的、藥物本身的性質、藥動學知識制定科學的給藥方案。如病情危急，採用靜脈注射或靜脈滴注的給藥途徑；如果是為了控制胃腸道的大腸桿菌感染，可選用一些在胃腸道不易吸收的抗菌藥物，如氨基糖苷類藥物等，瞭解這些藥物的最低抑菌濃度，以確定給藥劑量，依據藥動學知識確定給藥次數和間隔。
3．預期藥物的療效和不良反應幾乎所有的藥物在有治療作用的同時也存在不良反應，在預見藥物治療作用的同時，應積極預防不良反應的發生。
4．合理的聯合用藥在確診疾病後，儘可能地避免聯合用藥。如果要聯合用藥，請確保藥物在合用後，對疾病有協同治療作用。聯合用藥時要注意藥物的配伍禁忌。慎重使用固定劑量的聯合用藥；如複方藥物製劑，因為它約束了獸醫依據病情調整劑量的機會。
5．因畜、因地選用藥物不同種類的動物、不同的年齡、性別、體況、病情等，所選用的藥物不同；同一種動物，可能出現同樣的發病症狀，但是由於在不同的地區，可能發病原因不同，因此選用的藥物也不同。
