防治玉米細菌性褐斑病有農業措施和藥劑防治兩個方法。在農業防治中，應在秋收後清除病殘體，並科學種植，提高植株抗病力。藥劑防治是在玉米4至5葉期時，可以使用粉鏽寧或磷酸二氫鉀等藥劑進行防治。
土壤中及病殘體組織中有褐斑病病原體菌；首先，高感品種連作時，土壤中菌量每年增加5～10倍；其次，施肥方面，用有病殘體的秸稈還田，施用未腐熟的廄肥堆肥或帶菌的農家肥使病菌隨之傳入田內，造成菌源數量相應的增加。
土壤中及病殘體組織中有褐斑病病原體菌；首先，高感品種連作時，土壤中菌量每年增加5～10倍；其次，施肥方面，用有病殘體的秸稈還田，施用未腐熟的廄肥堆肥或帶菌的農家肥使病菌隨之傳入田內，造成菌源數量相應的增加。玉米5～8片葉期，土壤肥力不夠，玉米葉色變黃，出現脱肥現象，玉米抗病性降低，是發生褐斑病的主要原因。空氣温度高、濕度大。夏玉米區一般6月中旬至7月上旬若陰雨天多，降雨量大易感病。
玉米褐斑病的發病原因有病殘體在地裏，選擇的種子帶病菌，種植密度大等。
