品種不對路，温型不當。以最簡單的平菇為例，很多菇農對品種的温型缺乏掌握，我們知道平菇也有高温、低温之分，炎熱的夏天低温型平菇能出嗎？靈芝在冬季沒有好的保温措施能出嗎？這些都是最基礎的東西，菇農必須掌握。
菌袋污染現象嚴重。菌袋污染現象是菇農最鬧心的問題，看到一堆堆污染袋，都感心酸，料漲價，菇落價，而污染的增高，造成菌袋污染的罪魁禍首主要是滅菌不徹底。在適宜的水分、温度條件下，菌袋內沒有被殺死的雜菌開始繁殖，開始星星點點地分佈在菌袋上，後來擴展成片。那麼導致滅菌不徹底的原因有那些呢？
以玉米芯為主的培養料，一般顆粒很大，拌料時料塊沒有吸透水，料內有生心，不經過預濕很難滅菌徹底；無論常壓滅菌也好、高壓滅菌也好，如果在滅菌過程中沒有排盡冷空氣，滅菌鍋中始終被冷空氣佔據一部分，導致熱循環不良，也會造成滅菌不徹底；還有滅菌保證不了時間，滅菌時間不足，或在滅菌過程中出現停火，均會造成滅菌不徹底，滅菌鍋內菌袋擺放過多過緊，均會出現滅菌不徹底的問題。
菌種不定植或菌絲生長緩慢。發生這種現象的原因很多，不排除有些菌種活力弱可造成菌絲生長緩慢。但多數原因是菌袋裝料過緊或含水量過高（高於65%），菌袋內由於沒有充足的氧氣，抑制了菌絲的生長速度。當然發菌温度過低，且通風不良或培養料的酸鹼度不適宜，也會造成發菌緩慢。菌袋滅菌後料袋沒有充分冷卻就急於接種導致菌種不定植現象也不少。還有培養室過於乾燥，料面失水嚴重菌種也不可能定植好。
