1、幼苗帶菌。辣椒本身根系較淺，不同於番茄和黃瓜的根系，所以在育苗時應該以養根為主，如果苗牀沒有做好消毒工作，那麼苗期就會出現旺長現象。如果在引苗時待病菌，辣椒幼苗成活率必然很低，所以在引苗時不能只看品，還需觀察幼苗發育情況。2、土壤鹽害。農户長期使用化肥，造成有機質含量過低，土壤透氣性較差，而土壤板結也是造成辣椒苗期成活率低的原因之一。而有些農户使用的農家肥未完全腐熟就施入，或者是過量使用氮肥，土壤鹽漬程度嚴重，造成幼苗成活率低。
死棵的原因是弱苗或者温度過高引起的。
移栽苗太大或帶病，土壤處理不好，田管不到位。
弱苗，地温過高，或水糟根引起的。
土壤和根系帶菌，有機肥料過低。
