病菌可在種子上越冬，也可以菌絲塊在病殘體上或以菌絲在病葉上越冬，成為翌年初侵染源。病害常始於苗牀。高温高濕持續時間長，利於該病擴展。
1、辣椒細菌性葉斑病病菌在種子和病殘體上越冬。病菌在田間借風雨或灌溉水傳播，從葉片傷口處侵入。當温濕度適合時，病株大批出現並迅速蔓延，否則很難找到病株，系非連續性為害。2、辣椒細菌性葉斑病在雨後易發病，在高温高濕蔓延快。3、在排水不良、或土壤貧瘠缺肥的地塊、或保護地沒有消毒或消毒不徹底、或棚室內的病殘體清理不淨、或辣椒種子帶菌、或棚室內灌水後沒有及時通風排濕，導致棚室內高温高濕易發生辣椒細菌性葉斑病。
