一、雜交果實的採收
人工去雄授粉雜交後的西紅柿果實由黃變紅時，就須逐行逐株檢查摘除雜異果、畸形果和自交果（根據人工去雄授粉時作的標記辨認）。當果實已完全成熟後，進行採收。採收時再對雜異果、畸形果和自交果進行徹底的清除，然後妥善保管，讓果實再後熟一至兩天，然後對果肉與種子進行分離處理。
二、雜交果實的種子處理
採摘下的果實經過後熟處理後，就可進行果肉與種子的分離處理。果肉與種子的分離處理過程中，禁用鐵鋁等金屬器具，以避免種子接觸金屬器具後，種皮變黑，影響種子的商品性。處理方法一般採用兩種：
1、在制種面積小、每次採收的果實量小的情況下，可用刀子將果實切成兩瓣，將果實內的種子連同果漿一起擠入裝水的大塑料盆或瓷盆中，擠不淨時，可在水中衝涮乾淨（果肉可作菜吃，也可作牲畜飼料）。然後，將擠出的果漿、種子和水放置一天一夜，進行發酵。之後，將果漿、種子連同水裝入塑料紡織袋內，用手揉擠，把大部分果漿與水擠出，再倒入盆內，邊淘邊用手揉搓種子，淘洗2-3次，即可將種子淘洗乾淨。淘洗淨的種子放在木板或蘆葦上進行晾曬，曬乾的種子放在陰涼乾燥處妥善保管，以備封口抽樣檢驗。
2、在制種面積大、每次採收的果實量大的情況下，須挖一土坑，內鋪塑料薄膜或用大瓷甕，將進行了後熟處理的果實倒入坑內或瓷甕內，用木頭搗爛或穿膠鞋踩爛，讓其發酵一天一夜，用竹篩篩去果皮果肉（可作牲畜飼料）。然後，把果漿和種子倒入大水盆中，用木棍攪一攪，再裝入塑料編織袋內用手揉擠，將大部分果漿與水擠出，再倒入水盆內，像淘米一樣邊淘邊揉搓種子，淘洗2-3次，即可將種子淘洗乾淨。晾曬與貯藏與第一種方法相同。
