1、適宜的温度。有些農户在施用微生物活體農藥時，不注意環境因素，不選擇氣温適宜的條件下施用，在温度過高、温度較低的時候施用，甚至在冬天和早春寒冷的天氣條件下施用，結果不能達到預期的防治效果。因為，微生物農藥只有在較高的温度條件下，才能體現較好的生物活性，温度過高或者過低，效果都不顯著。試驗表明，在25℃～30℃之間，噴施後的微生物活體農藥防治效果要比在10℃～15℃之間的高出1到2倍。
2、適宜的氣候條件下施用。如晴天上午10點鐘到下午4點鐘前等高温且天氣乾燥的條件下施用，結果也達不到預期的防治效果。這主要是因為環境濕度不夠所致。如白僵菌，作為真菌殺蟲劑，製劑主要含白僵活孢子，施用後通過直接接觸蟲體，或在用物上被害蟲吃入消化道，在適宜的條件下孢子萌發，在蟲體內繁殖，產生白僵菌素等，導致害蟲緩慢死亡。死亡蟲體上的菌絲和分生孢子，通過接觸或藉助於氣流又傳播至其它健康蟲體上侵染，從而造成流行，引起大量個體死亡。落入土壤的白僵菌還能在土壤中越冬，第二年再侵染蟲體，繼續起殺蟲作用，後效明顯。因此，微生物農藥最好選擇陰天、雨後或早晨等濕度大時施用。
3、施用時要避免陽光照射。如果沒有避開高温，在強太陽光的中午施用，容易引起藥效下降。大多數微生物活體農藥，最怕強太陽光照射。太陽光中的紫外線對芽孢有着致命的殺傷作用，而且紫外線的輻射對伴孢晶體還能產生變形降效作用，因此，微生物農藥最好選擇在上午8點以前、下午5點鐘以後或者陰天使用。
4、切忌在雨天施用。芽孢類微生物農藥最怕大暴雨沖刷，因為暴雨會將噴施的菌液沖刷掉。但噴施後﹙5～6小時後﹚遇到小雨，不但不會降低藥效，反而可提高防治效果，因為小雨對芽孢發芽大為有利，害蟲一旦食後會加速其死亡。所以要根據天氣預報確定施用時間，避免在雨天或施用後就遭暴雨沖刷。
5、切忌與化學農藥混用。如塊狀耳黴菌，作為一種真菌殺蟲劑，藥效是通過塊狀耳黴菌的活孢子作用來實現的。施用後活孢子侵染蚜蟲並致死，可持續傳染，引起羣體大量死亡。如果與化學農藥混用，活體真菌被殺致死，自然失去殺蟲作用。
6、切忌與酸性或鹼性物質混用。大多數微生物農藥遇酸性或鹼性物質，生物活性會不同程度降低，從而降低防治效果。
