使用温度不宜過低：施藥温度以25-30℃為宜，效果更好。
避免在乾燥天氣使用：以陰天、雨後或早晨等濕度較大時使用為宜。
避免強光下使用：避免在光照過強的中午使用，以下午4點後或陰天使用為宜。
避免施藥後降雨：施藥後5-6小時內不能降暴雨（可降小雨），否則會影響藥效。
避免與殺菌劑混用：不能與殺菌劑混合使用，否則微生物農藥會失效。
一、使用微生物農藥的注意事項
1、防止施用時温度過低
（1）有些農户在施用微生物活體農藥時，不注意環境因素，不選擇氣温較高的天氣條件下施用，甚至在冬天和早春寒冷的天氣條件下施用，故沒有達到預期的防治效果。
（2）這是因為生物農藥施用時都要求較高的温度。試驗表明，在25-30℃之間，噴施後的微生物活體農藥防治效果要比在10-15℃之間的高出1-2倍。
2、防止在乾燥的天氣下施用
如晴天上午10點鐘到下午4點鐘前等高温乾燥的天氣條件下施用，效果都不佳。這主要是由於環境濕度不夠所致。因此，選擇陰天、雨後或早晨等濕度大時施用。
3、防止強太陽光
（1）沒有避開高温、強太陽光的中午施用，引起藥效下降。微生物活體農藥，怕強太陽光照射。
（2）太陽光中的紫外線對芽孢有着致命的殺傷作用，而且紫外線的輻射對伴孢晶體還能產生變形降效作用，因此要選擇在下午4點鐘以後或者陰天施用，發揮效果更好。
4、避免施用後遭大雨沖刷
芽孢怕大暴雨沖刷，由於暴雨會將噴施的菌液沖刷掉。如果噴施後（5-6小時後）遇到小雨，不但不會降低藥效，反而可提高防效作用，因為小雨對芽孢發芽大為有利，害蟲一旦食後會加速其死亡。
5、防止與殺菌劑混用
（1）如塊狀耳黴菌，作為一種殺蟲劑，藥效是通過塊狀耳黴菌的活孢子作用來實現的。施用後活孢子侵染蚜蟲並致死，可持續傳染，引起羣體大量死亡。
（2）但作為一種活體，如果與殺菌劑混用，它們會被殺菌劑致死，自然失去殺蟲作用。
二、微生物菌劑的作用
1、提高產量
實踐證明，微生物菌劑特定的肥料效應不僅為農作物提供營養元素，其有效菌還能分泌赤黴素、細胞分裂素、生長素等活性物質，刺激、調節、促進作物的生長髮育，有助於農作物增產。
2、改善品質
（1）微生物菌劑能有效地改善農產品品質。實踐證明，施用微生物肥料收穫的農產品，蛋白質、糖分、維生素、氨基酸等有益成份含量明顯提高，籽粒、果實豐滿光滑，蔬菜果品色澤亮麗，既好吃又好看，價值還高。
（2）一些微生物肥料產品，還可以減少硝酸鹽的積累，提高農產品的安全性。
3、增強作物的抗逆性能
（1）大多微生物菌劑中的有效菌，具有分泌抗生素類物質和多種活性酶的功能，能抑制或殺死致病菌，降低病害發生及增強作物的抗逆性。
（2）比如可增強農作物的抗旱、耐寒、抗倒伏、防病及抗鹽鹼能力，同時還能有效預防作物生理性病害的發生。
4、提高化肥利用率
（1）微生物菌劑有效菌大多能分解土壤中有機質，有機質分解過程中生成腐殖酸，腐殖酸與土壤中的氮形成腐殖酸銨，可減少氮肥的流失。
（2）解鉀溶磷有效菌能將土壤中固化的化學鉀肥、化學磷肥分解轉化為速效鉀、速效磷，提高其利用率，降低生產投入，減少資源浪費。
5、改善土壤養分
（1）微生物菌劑有效菌可以促進土壤中難溶性養分的溶解和釋放，提高土壤養分的供應能力。
（2）有效菌所分泌胞外多糖物質，是土壤團粒結構的粘合劑，能夠增強土壤團粒結構，疏鬆土壤，提高土壤通透性和保水保肥能力，增加土壤有機質，活化土壤中的潛在養分，改善土壤中養分的供應狀況。
