菌種生產提倡清潔衞生，菌房應先進行消毒處理，最好採用兩種以上方法交叉消毒，避免雜菌產生抗藥性。出現雜菌的菌袋應及時隔離處理，嚴重的必須及時遠扔深埋，不能在生產場地堆積。
原料
選擇經濟實用、來源廣泛的原料，已黴變、腐爛的原料不要採用。培養料中各種物質的配製比例要適當，特別是要有適宜的碳氮比。不同種類的食用菌菌種適宜的PH值不同。培養料的含水量要合適，拌料要均勻，配好料後及時分裝。
滅菌
作為食用菌生產的關鍵，滅菌一定要徹底。常壓蒸汽滅菌注意滅菌倉內不能有死角；高壓蒸汽滅菌應徹底排空冷空氣，防止產生假壓，影響滅菌效果。
接種
接種須在無菌條件下進行，要選擇優良菌株。對培養基、接種工具、操作環境需嚴格滅菌，接種過程嚴守無菌操作規程，不得混入任何雜菌，以確保菌種質量。
培養
菌種培養過程中要經常檢查，發現有雜菌感染應立即取出，沒有適時萌發的菌瓶(或試管)應單獨放置或補種。經常檢查和調節温度，保證菌絲在適温下生長。當菌絲快要長滿時，將培養温度降低2-3℃，能使菌絲更加健壯有力。適當通風換氣，保持菌房空氣新鮮。
