(1)根據防治對象合理選擇農藥品種使用農藥是藥用植物病蟲害防治的重要手段。農藥種類較多，應根據病蟲害種類選擇合適農藥，殺蟲劑如敵百蟲，一般對咀嚼式口器害蟲如菜青蟲有效，而對蚜蟲、介殼蟲等刺吸式口器害蟲幾乎無效。殺菌劑也要選擇合適的品種，如種子消毒處理一般選用廣譜性殺菌劑，而防治葉部的真菌性病害可選用多茵靈、甲基託布津等農藥，防治霜黴病則應選擇瑞毒黴等對藻類菌敏感的農藥。在中藥材病蟲害防治中，提倡使用生物農藥，如Bt、農抗120、滅幼脲、煙鹼等。
(2)農藥的交替使用與合理混用農藥的使用原則是不要長期使用同一種農藥防治同一種病蟲害，而應交替使用作用機制不同但防治對象相似的農藥。同時需要對不同的農藥進行混用，可以達到兼治多種病蟲害，避免害蟲產生抗藥性，以延長新農藥的使用壽命。混用時要注意農藥間不能產生拮抗或降解作用，不使用增毒顯著的混用配方。混合配藥時，應先將兩種農藥按配方的用藥量或濃度各自稱量後，分別加少量水稀釋，再相互混合後攪拌均勻，加水至規定濃度。混配的農藥應現配現用，不能久置。
(3)選擇合適時期使用農藥合適的時間施用農藥是有效控制病蟲發生、保護有益生物、避免農藥殘留的重要途徑，要注意做好田間觀察記錄，以掌握病蟲動態。確定防治適期的依據主要有：掌握害蟲盛發期和在對殺傷害蟲最有利的蟲齡階段進行防治；病蟲易侵染、為害的生育期；非天敵敏感期；安全間隔，即在收穫前一定間隔時間內禁止用藥，這一點要特別注意。
(4)農藥使用過程中安全注意事項配藥時須戴膠皮手套，用量要嚴格按規定劑量稱量，嚴禁用手拌藥；藥劑拌種時要用工具，隨用隨拌，手撒或點播藥種時要戴防護手套，剩餘毒種應及時銷燬；配藥、拌種地點應遠離水源和居住地；使用手動噴霧器時要隔行噴，桶中藥液不能裝的過滿，大風及高温時不噴藥；噴藥後及時清洗噴霧器及盛過農藥的包裝物。
