適宜的貯藏溫度可以將蘋果的代謝消耗降低到最低，但又不至於造成低溫傷害。大部分蘋果品種的適宜冷藏溫度在0--1℃，氣調貯藏的溫度可以比冷藏高0.5-1℃。適宜的低溫可以減輕蘋果的虎皮病、斑點病、衰老褐變等到生理病害，也可以在一定程度上抑制病原菌的活動，減輕微生物病害。有些品種對溫度比較敏感，長期在0℃下貯藏會發生果心、果肉褐變等生理病害。因此，其貯藏溫度宜在2-4℃。
蘋果的貯藏時間比較長。因此，要求貯藏環境溼度必須要高，當相對溼度達到85%-95%時，才能減少水分蒸發，保持果實的新鮮、飽滿狀態。當蘋果的失水率達到5%-6%時，果皮就會出現皺縮，影響外觀質量，加快果實有呼吸和成熟衰老。溼度太大不僅有利於病原菌的活動，還會導致一些生理病害，有時甚至會導致裂果。
