進入秋季，棉花生長轉入吐絮、完成秋桃發育的生長後期，這個時期應以養根保葉為中心，以科學的管理手段，促棉株健壯生長，防止早衰及貪青晚熟和爛桃，爭取棉花豐收，具體管理方法如下：
一、抗旱防澇
無水等於無肥，如果水分不足，棉株就會產生大量的乙烯，導致棉鈴早衰和脱落，所以在8月中旬至9月中旬這一時期0～40釐米土壤含水量要保持在田間持水量的55%以上，只有這樣棉花的各項生理功能才能正常運行。若低於這個指標就要澆小水或隔行澆水，切忌大水漫灌或浸泡，以保持棉田排水暢通，避免出現過多積水而影響根系活力。在防旱的同時也要注意秋雨過多對棉花造成的澇害，要及時做好清溝排水工作，以保養根系，減少爛鈴。
二、中耕鬆土
雨後或澆水後的棉田，地面板結，通透性差，根系活力下降，可用畜力淺中耕或人工鋤地（鬆土宜淺不宜深）來破除土壤板結，提高土壤的通透性，促進棉花根系生長，同時結合鬆土，進行培土壅根，可有效增強棉花的抗倒能力。
三、根外追肥
充分利用葉片的吸收功能，進行 葉 面 噴肥，以彌補根系吸收養料的不足，提高葉片的光合能力，從而提高棉花成鈴率。重施花鈴肥，以滿足棉花結鈴時對養分的需要；補施桃肥，棉花成桃時對鉀肥需求量多，由於消耗了大量養分，不少棉田出現了缺肥早衰的現象，如不及時補充養分，難以實現秋桃蓋頂；適時噴肥防早衰，8月至9月上旬，每隔5～6天，噴施一次1%的尿素水，重點噴施於中上部葉片背面，晴天在下午4點以後噴施，陰天可全天噴施，切忌在氣温高、光照強時噴灑，以免噴後水分蒸發過快，濃度驟增出現燒葉現象。
四、及時整枝、推株並壟
主要是去除棉株下部老葉和空棉枝，並打掉棉枝羣尖。對於枝葉繁茂、密度偏大的棉田還應在雨後趁土壤濕潤時採取推株並壟的措施，即將相鄰的兩行棉花推並在一起，呈 八 字形，使並在一起的棉花兩側得到充足的陽光照射，起到通風透光、增温降濕的作用。
五、防止貪青晚熟
棉花生長後期因為羣體過大、氮肥施用過多、過晚、棉株生長過旺易造成貪青晚熟，晚秋桃增多，導致棉桃不能正常開裂，影響棉花品質。對晚熟棉桃應噴施乙烯利溶液進行催熟，應在 寒露 至 霜降 前後、平均氣温連續3天在20℃以上、80%以上棉鈴達40天以上時噴施。
六、科學治蟲防病
要重點做好黃葉枯死病、棉鈴蟲、棉蚜等病蟲害的防治工作。黃葉枯死病是一種營養不良並伴以缺鉀的一種生理性病害，棉田缺乏有機肥、瘠薄及乾旱等都能發生此病，可採用補施鉀肥及葉面噴肥的方法進行防治；棉蚜蟲、棉鈴蟲等害蟲都具有較強的抗藥性，防治時注意混合用藥和輪換用藥。
