檸檬果實貯藏期間的真菌病害主要有：黑腐病，酸腐病，蒂腐病，青、綠黴病，炭疽病；生理性病害主要有：幹疤和水腫。
⑴蒂腐病：分為褐蒂腐和黑蒂腐兩種，其症狀相似，但褐蒂腐病斑與健康組織間無明顯界限，後期有發酵味。黑蒂腐病斑與健康組織間有明顯界限，後期有惡臭味。病菌從果蒂處侵入果實組織，初期病斑為水漬狀，病斑不斷擴大，逐漸變為褐色或黑色，腐爛穿過果實中心的速度比沿果皮發展快。在多雨潮濕的產區或年份發生尤為嚴重。
⑵黑腐病：最初症狀是果蒂變黑，病菌沿果實中柱向下發展，凡菌絲所到之處，即變黑腐爛。在果實生長髮育期間，黑腐病菌多存在於果蒂處，在果蒂組織被破壞之前，不能侵入檸檬組織內部。任何使果實衰弱的條件如不適的環境、採收過遲或長期貯藏都會增加果實對黑腐病的敏感性。
⑶綠黴病：是指青黴菌和綠黴菌所致的兩種貯藏病害。其發病過程和症狀相似，初期果皮表面變軟，出現水漬狀斑，隨病斑的擴展病部長出白色菌絲，很快轉變為青色或綠色的黴層，從開始發病到全果腐爛只需1-2周。病菌通過分生孢子靠接觸或隨氣流傳播。從傷口、裂口侵入，故最根本的防止措施是減少機械損傷。世界上所有商品性的柑橘產區，青、綠黴病都是造成採後腐爛最普遍的原因。
⑷酸腐病：最初症狀是微凸的水漬狀淺黃色至黃色斑點，病菌主要在果實內部生長，到後期，果實內部組織全部分解成酸味的水漬狀的膠粘物。在24-29℃下，從侵染到全果腐爛只需5天，相鄰的果實也會接觸感染，病菌從傷口入侵。
⑸炭疽病：發病開始於蒂端，最初的外部症狀是灰色至褐色斑點，以後斑點迅速擴大，有時延及整個果實。在潮濕條件下，表面出現粉紅色孢子，以後孢子羣變為褐色至黑色，直到後期病菌才侵入果肉深處。主要感染寬皮橘類，檸檬果實偶有發生，潮濕的地區和年份發病嚴重。病菌在果園的枯枝或弱枝上生長，並從那裏傳播至果實，通過果皮破裂處或枯死的果蒂進入果實內。
以上病害的防治方法：除作好採後處理，可用藥物防治。方法如下：
①噻苯咪唑(特克多、TBZ)和苯來特(苯菌靈)：是最有效的採後殺菌劑，可有效地控制蒂腐病和青、綠黴病，對炭疽病有一定效果，但對酸腐病和黑腐病無效。這兩種殺菌劑均微溶於水，常配成蠟-水混合液或水的懸濁液使用，處理時須不斷搖動懸濁液，以保證藥液均勻一致。使用濃度分別為：噻苯咪唑1?000mg/L，苯來特600mg/L，採後浸果3-5分鐘。
②鄰苯基酚鈉(SOPP)：可控制蒂腐病和青、綠黴病，對酸腐病也有一定的效果，尤其用於橙類更為有效。使用pH值為11.5-12.0的2％鄰苯基酚鈉水溶液藥效最高，故常用的配方是：2％鄰苯基酚鈉+0.2％NaOH+1％六胺，也可用1％鄰苯基酚鈉蠟水溶液。
③仲丁胺：可控制青、綠黴病，對蒂腐病的效力較低，對酸腐病和炭疽病無效。仲丁胺為液體，沸點63℃，可作為庫房熏蒸劑(25-200mg／L，V／V，42h)，也可配成1％-2％水溶液作浸果處理。
④聯苯：可控制蒂腐病和青、綠黴病，對酸腐病無效。是一種蒸氣態殺菌劑。常用的方法是：將可滲性包果紙按2.35g：1張(27.9cm×43.2cm)的比例用聯苯浸漬，製成聯苯包果紙。也可把聯苯溶於石蠟油(或礦物油)裏製成聯苯-石蠟混合液，塗在紙片上製成聯苯襯墊。
在國內，目前生產上常用的防腐劑還有託布津(1000-2000mg／L)、多菌靈(800-1000mg／L)、抑黴唑(500mg/L)、碳酸氫鈉(2％)等。
生理病害
⑴褐斑病(幹疤)：多在貯藏中期至後期發生。初期症狀為淺褐色不規則斑點，以後顏色變深，病斑擴大，在低温下發展成為以蒂部為中心的、不規則的環形病斑。病斑處油胞破裂。凹陷幹縮，部位僅限於外果皮。多數認為這是一種低温失調的生理病(Brooks&Mccolloch,1936；李沛文，1977)。在低温低濕下貯藏，發病尤為嚴重。在貯藏上通過適當晚採、高濕、低O2和高CO2避免貯温過低等措施，來控制和降低褐斑病發病率。
⑵水腫病：初期果皮變淡，局部果皮出現不規則、半透明的水漬狀斑，食之有煤油味。病情嚴重後整個果實為半透明水漬狀果，鬆軟，易剝皮，食之有濃厚的酒精味。若繼續貯藏，則被其它致病菌侵染而腐爛。大量試驗表明，貯温過低和通風換氣不良使CO2積累過多，會導致水腫病的發生。只要兩個因子中的任何一個存在一定時間後就會導致水腫病發生，兩種因子同時存在時則發病更早、更嚴重。所以防治檸檬果實水腫病應注意防止貯温過低或波動過大，同時加強管理，注意通風換氣。
