山藥抗病性很強，很少得病，但近幾年有時發生炭疽病，造成莖枯落葉。一般在播種之前，用50%多菌靈可濕性粉劑1000-1200倍液浸種，或把山藥栽子的傷口放在乾草木灰中蘸一下，也可把山藥栽子、段子或零餘子放在草木灰中貯存。苗期發病可用50%多菌靈或代森錳鋅800倍液噴霧，7-10天1次，5-6次即可。
山藥的蟲害非常嚴重，主要是地下害蟲，如金針蟲、螻蛄、蠐螬，把山藥地下塊莖鑽很多洞，有時還藏在塊莖內休眠。金針蟲本身有一層膜質，藥劑不易滲透其體內觸殺，以胃毒藥劑較好。最好是採取綜合措施預防，其方法如下：
（1）深翻土地冬前深翻土地25-30釐米深，把越冬的成、幼蟲翻至地表，使其凍死、曬死或被天敵捕食。
（2）施肥腐熟的有機肥充分腐熟的有機肥能改變土壤的通氣、透水性能，使作物生長健壯，增強抗病、抗蟲性。輪作換茬也是防病、防蟲的有力措施，一般3-4年輪作一次較好。
（3）毒谷用0.15公斤90%敵百蟲30倍液，拌秕穀製成，每667平方米施1.5-2.5公斤。撒到土表面，再用鋤頭把表土鬆一鬆，這樣有些藥在土內，有些在土表。
（4）毒鉺0.15公斤90%敵百蟲30倍液，拌炒香的麥麩或豆餅（或棉籽餅）5公斤製成毒鉺，在無風悶熱的傍晚施用效果好，拌時應加鉺料重量1-1.5倍的水。或用40%-50%樂果乳油100克兑水5公斤拌50公斤炒至糊香的鉺料（麥麩、豆餅、玉米碎粒等），每隔2米左右刨一趟，每3-4米刨一個碗口大的坑，放一撮毒鉺後再覆土，每667平方米用毒鉺1.5-2.0公斤。此法防治螻蛄、蠐螬很好。
（5）灌根用40%甲基異柳磷乳油1500倍液，每株灌藥液0.15-0.2公斤。或用2%甲基異柳磷粉劑，每667立方米3-4公斤，撒於近株表土，再用鋤頭把土和藥粉摻勻。此法對於防治蠐螬和金針蟲有特效。或用90%敵百蟲800倍液，每株灌藥液0.15-0.2公斤。
