砧木苗的培育：砧木與主要栽培品種親和力強，生長正常，根系發達，抗逆性強。
嫁接苗的培育：嫁接苗要進行園內整形，主要是確定主幹高度，培養一定數量的骨幹枝。
脱毒苗的培育：熱區高温多濕，柑橘病害，特別是危險病害威脅極大，育脱毒苗可以解決這個問題。
主要方法有熱處理、抗菌素處理、莖尖培養、微嫁接等。
一、砧木苗的培育
1、育苗地應選擇交通便利、地形平坦、有水源、坡度5°以下的緩坡地或排灌方便的水田，要求土層深厚、結構良好，土質為砂土或壤土，pH值在5.5~6.5範圍內的土壤。要避免水源和空氣污染，遠離舊柑橘園。砧木要求適應當地風土條件，與主要栽培品種親和力強，生長正常，根系發達，抗逆性強，嫁接後能早結、豐產、穩產、優質，無檢疫性病蟲害的品種和或者類型作為砧木，廣東、廣西、海南甜橙類、蕉柑、椪柑多以朱橘（江西紅柑橘）、紅檬檬作為砧木，近些年椪柑、臍橙用枳作為砧表現為早結豐產。福建紅桔作為寬皮桔的砧木。也有用柑作為椪柑、蕉桔和甜橙的砧木。台灣的蕉柑、椪柑多以酸桔、紅棒檬為砧。廣東、廣西、福建柚砧多用酸柚。
2、砧木種子採集成熟的果實，用特製的剖面板或者小刀，縱切6~8瓣，擠出種子。放入竹蘿或者粗布袋，加入少量草木灰輕輕搓擦，用水沖洗，去除種皮的果渣和果膠。把乾淨的種子攤在陰涼的通風處，種皮變白就可以播種。種子最好是新鮮播種，否則應採用幹藏或沙藏法進行保存。砧木果實含籽量和播種量。播種田要精耕細作，充分犁耙碎土，並均勻施用充足的基肥。一般每公頃施用豬糞、牛糞、優質堆肥3750-4500公斤、過磷酸鈣225-375公斤、石灰375-450公斤。
3、播種方法有撒播和條播兩種。播放後，苗牀土壤應保持濕潤，幼苗生長3~4片真葉後勤施用薄施用水肥，注意預防炭疽病、立枯病、潛葉蛾等病蟲害。砧木苗移植分為新栽種苗和舊栽種苗兩種。新栽種苗是第一個冬天至第二個春天播種，第二年的5~7月中旬接受20cm*12cm株行距移植，冬春嫁接，秋天出田，整個育苗時間為2年。該方法應加強肥水管理，使得砧木迅速生長，才能及時出田。老栽種苗是冬季播種的第二年秋冬或第三年春季按25釐米*12-15釐米的行距移植；春季播種在秋冬或第二年4-5月春梢老熟後移植。生長9~15個月後進行冬春嫁接，整個育苗時間為2年。
二、嫁接苗的培育
1、一年四季都可以嫁接，但是立春前最好，冬暖枝條充實早可以提早嫁接，反之則延遲。為了快速育苗，在夏季和秋季也可以嫁接，應該在晴天和暖天進行。雨天土壤太濕，北風強的天氣不應該嫁接。夏季和秋季的嫁接應避免在風雨天和中午陽光強烈時進行。嫁接方法廣東、廣西、福建、海南等地多采用單芽切接或單芽腹接，成活率在90%以上。
2、嫁接苗要進行園內整形，主要是確定主幹高度，培養一定數量的骨幹枝。通過夏梢剪頂促發秋梢。熱區剪頂一般在立秋前後進行，寒露風來的早，容易乾旱的場所和秋末冬初出田的場所可以適當提前。第一次夏梢的中上部，選擇節間疏密一致，葉片的完整部分，可以從地面的25-30cm處剪下頂，如果春梢超過這個高度的話，可以在春梢剪下來。
3、剪頂後，及時去除早吐的零星秋梢，大部分苗木萌芽後放置3~6個芽才放梢，來保持枝條生長平衡，芽生長約3cm時，選擇健壯、均勻分佈在各個方向的主杖3~5根，其餘及時去除。優良嫁接苗的標準是品種優良純淨，無黃龍病及其檢疫性病害，枝幹健壯，接合部癒合良好，新栽培苗高10cm以上（老栽培苗高50cm以上），莖粗0.8cm以上，分佈均勻的主枝3~5根，葉子濃綠有光澤，主根長15cm以上，有最多粗細均勻顏色鮮黃的鬚根，整株的地上部與地下部生長均衡等。
三、脱毒苗的培育
熱區高温多濕，柑橘病害，特別是危險病害威脅極大，育脱毒苗是解決這個問題的重要途徑。主要方法如下：
1、熱處理：砧木種子用56℃熱水處理50min，接穗用50℃蒸汽處理45min，春天自動前的苗木，用49℃蒸汽處理50min。
2、抗菌素處理：接穗用鏈黴素700u/ml液浸泡lh；四環素1000u/ml液浸泡2h。如果將四環素1000u/ml液加熱到46℃時，浸泡時間可縮短到20min。
3、莖尖培養：應用組織培養技術，將接穗品種的尖端去除葉原基後，取其約0.1-0.2mm的莖尖（無維管束組織的圓錐體分生組織）放置在適當培養基育成苗。
4、微嫁接：用熱處理和試管播種方法培育無毒砧苗，將接穗品種的盆栽苗放入人工氣候室（30~40℃），保持2~4周，促進發新梢。等到新梢長到幾釐米時，取其<0.2mn的生長點嫁接到試管砧苗上，形成脱毒苗。
