有機肥和複合肥各有各的優點和缺點。
複合肥：養分含量高，肥效快而長，使用方便，但是養分比例固定，使用限制較多。
有機肥：養分全面，有機質含量豐富，肥效長，能夠改良土壤，提高土壤保水、保肥、透氣性能，但是養分含量較低，肥效較慢，且使用起來較為麻煩
一、複合肥
1、定義：一般將含有氮、磷、鉀三種營養元素中兩種或兩種以上的化學肥料稱之為複合肥。
2、優點分析：複合肥養分含量高，肥效快而長，副成分少，物理性狀好，使用方便。
3、缺點分析：複合肥養分比例固定，一般難以顧及到不同作物所需的所有營養元素，使用限制也比較多，比如葉菜類和水田中不宜使用含有硝酸根的複合肥，鹽鹼地不宜使用含有銨根離子的複合肥，忌氯作物或鹽鹼地不宜使用含有氯化鉀或氯離子的複合肥，水田以及酸性土壤不宜使用含有硫酸鉀的複合肥。
二、有機肥
1、定義：一般將以動物的排泄物或動植物殘體等富含有機質的副產品資源為主要原料，經過發酵腐熟處理後製成的肥料稱之為有機肥（農家肥）。
2、優點分析：來源廣泛，數量大，養分全面，有機質含量豐富，肥效長，能夠改良土壤，活化土壤中的有益微生物（比如固氮菌、氨化菌、纖維素分解菌、硝化菌等），大大提高土壤的酶活性，從而提高土壤的吸收性能、緩衝性能和抗逆性能。除此之外，施加有機肥還能提高土壤保水、保肥、透氣性能以及調節土壤温度的能力。
3、缺點分析：目前常用的有機肥多為禽畜糞便，養分含量較低，肥效較慢，而且使用起來髒、臭、不衞生，並且在使用之前需要經過腐熟發酵處理，相對較為麻煩。
