回答：1、土壤酸化：長期使用化肥會加快土壤的酸化速度，加速Ca、Mg從耕作層淋溶，導致土壤肥力下降。2、微生物活性降低：施用化肥這方面，我國以氮肥為主，磷、鉀、有機肥的使用量相對較少，這會降低土壤中的微生物數量與活性。3、重金屬和有毒元素有所增加：開採化肥原料及生產加工時會混入一些重金屬元素或有毒物質。
一、化肥對土壤的影響
1、土壤酸化
長期使用化肥會導致土壤的酸化速度加快，加速Ca、Mg從耕作層淋溶，從而導致鹽基飽和度和土壤肥力下降。
2、微生物活性降低
（1）使用不同的化肥會影響到微生物的活性，土壤中的微生物數量、活性大小的順序通常為：有機肥配施無機肥＞單施有機肥＞單施無機肥。
（2）我國使用的化肥主要為氮肥，磷肥、鉀肥、有機肥的使用量相對較低，這會導致土壤中的微生物的數量和活性下降。
3、重金屬和有毒元素有所增加
（1）開採化肥原料和加工生產的過程中會混入一些重金屬元素（比如Cd、Cr、Hg，尤其是Cd）或有毒物質，在我國使用的化肥中，磷肥佔比為20%，而磷肥的生產原料為磷礦石，這種礦石裏面的有害元素F和As的含量較高，
（2）利用廢酸生產的磷肥還含有三氯乙醛，使用後會對作物造成毒害。據相關研究表明，不管是酸性土壤、微酸性土壤還是石灰性土壤，長期使用化肥都會增加土壤中的重金屬元素的含量。
4、養分失調，硝酸鹽累積
（1）由於我國使用的化肥以氮肥為主，磷肥、鉀肥和複合肥的使用量相對較少，長期下來導致土壤中的營養失調，加劇了土壤中的P、K的耗竭，並積累了NO3-N。
（2）NO3-N被人體攝入後，微生物會將其還原成NO2-，這不但會降低血液的載氧能力，而且還會在人體內轉變成強致癌物質亞硝胺，並誘發各種消化系統癌變，危害人體健康。
二、過量使用化肥的防治措施
1、加強和完善配方
（1）在配方施肥的過程中，應完善施肥參數，比如單位產量養分吸收量、土壤養分利用率、化肥利用率等，這些參數會隨着生產條件的改變而發生變化。
（2）在原來的化驗土壤、植物營養需求的基礎上，可新增環境條件分析項目（比如水質、土壤中的有害物質含量、化肥農藥污染等），以此充實、完善施肥參數，優化配方施肥。
2、增施有機肥
增加有機肥在配方施肥中的比重，有機肥不但具有養分全面、肥效長、無污染等優點，還能使土壤中的有機質含量增加，並且能提高土壤的蓄水、保肥能力。除此之外，使用有機肥還可以讓土壤的理化性狀和團粒結構得到改善，從而提高農作物的品質。
3、加大對微肥及生物肥料的利用程度
（1）微肥可以平衡作物所需要的營養，而生物肥料則可以通過自身所含有的微生物分泌生理活性物質，從而起到固氮、解磷、解鉀、分解土壤中的其他微量養分的作用。
（2）使用微肥和生物肥料還能提高化肥、有機肥的利用率，並且能改善土壤的理化性狀，使土壤能夠為作物提供多種營養，從而促進作物的生長，提高其產量和品質。
（3）除此之外，微肥和生物肥料可以分解土壤中的有害化學物質，滅殺有害菌羣，減少化肥、農藥的殘留量以及有害病菌的數量。
4、協調大量元素與微量元素之間的關係
增施微量元素肥料，或噴施微量元素生長劑、複合生物生長劑，使養分平衡供應，讓作物體內的營養能夠快速轉化，減少有害物質的積累。
5、改變施肥方式
對作物施肥時，需改變過去的傳統方式，將盲目施肥改為優化配方施肥。
