秋季辣椒常見病害有病毒病、青枯病、炭疽病、疫病、日灼病等。
病毒病：做好蚜蟲、飛蝨的防治工作，切斷毒源。若發病嚴重，噴施復酸芬鈉或蕓薹素。
青枯病：合理輪作，調節好土壤酸鹼度。發病初期，每隔7-10天噴施一次農用鏈黴素，共噴2-3次。
炭疽病：增施磷鉀肥，合理調控種植密度。發病初期，噴施58%甲霜錳鋅500倍液或70%甲基託布津1000倍液。
一、秋季怎麼防治辣椒病害
1、病毒病
（1）應搞好蚜蟲、飛蝨、茶黃蟎的防治，減輕病毒傳播。辣椒感病後、造成落花、落果、落葉。
（2）播前先進行種子處理，再催芽；加強栽培管理；培育無病苗，增施熟腐的有機肥，促進早發，增強植株抗耐病能力。
（3）及時防治蚜蟲切斷毒源。當田間發現有蚜蟲時，立刻進行噴藥防治，用殺蚜蝨藥劑混合防病毒藥劑均勻噴施。若天氣乾旱，蚜蟲量大時，要連續噴藥防治。
（4）在發病初期，隔5-7天噴1次，連續2-3次，可收到較好效果，如果發病嚴重，葉片皺縮，節間縮短，可加入復酸芬鈉或蕓薹素等，促進細胞分裂加快，減輕危害。
2、青枯病
（1）預防辣椒青枯病可與瓜類、豆類及綠葉菜、水生菜等輪作。
（2）選用抗病品種，增施石灰，調節土壤酸鹼度。
（3）加強田間管理，及時排除積水，隨時拔除病株，並在病穴中撒施石灰，避免病菌擴散。
（4）發病初期用農用鏈黴素噴淋，7-10天一次，共2-3次。
3、炭疽病
（1）施肥不足或氮肥過多，田間排水不良，果實發生日灼時，均易誘發炭疽病。高温多雨有助於炭疽病的發生和流行。
（2）增施磷鉀肥料，提高植株的抗病能力；合理密植，減少日灼的發生。
（3）在發病初期噴灑：58%甲霜錳鋅500倍液；70%甲基託布津1000倍液。每7-10天一次，共噴2-3次。大果初成時及時噴撒星搭檔+品秀+多抗黴素，星搭檔+氟硅唑+咪鮮胺連防。
4、疫病
（1）預防疫病建議實行2~3年輪作，與十字花科輪作；注意排水；高壟栽培，雨後及時排水。
（2）疫病大多屬於土傳病害，此外雨水、灌溉水也可傳播，是一種流行性較強的病害。
（3）藥劑防治應在發病初期進行，選用普力克水劑或噁黴福美霜600-800倍灌根。或霜脲錳鋅均勻噴霧。
5、日灼病
（1）辣椒果實日灼的原因是因為太陽直曬，引起果皮温度過高而灼傷。果實兩面（向陽面與背陰面）之間的温度差異大，灼傷的可能性也較大，在盛夏季節發生更為嚴重。
（2）高温和乾旱是促進日灼的輔助原因，連續高温，土壤乾旱，植株體內水分保存的量少，容易發生日灼。
（3）防治措施是與玉米等高稈作物間作，用高稈作物遮蔭可防日灼；加強肥水管理，增施有機肥，葉面噴灑高鈣葉面肥，增加土壤保水力。
（4）若是商品鮮椒及時採摘，早摘勤摘，使植株枝葉生長旺盛，以遮蓋果實，可減少日灼現象；合理澆水，保持辣椒地面見幹見濕，確保植株體內水分充足，不發生萎蔫現象。
二、秋季辣椒的温度管理
1、當棚外氣温還高於15℃時，晝夜儘可放風，通風掌握的越好，辣椒棵越壯，落花、落果現象越少。
2、若夜間棚外氣温降至15℃以下時，辣椒生長緩慢，果實膨大也緩慢，夜間應當把棚膜和棚門蓋嚴，只能在白天氣温高時進行放風，使棚温保持在20℃～25℃，以利於果實的膨大。
3、在夜間外界氣温降至接近0℃之前，應立刻加扣臨時小拱棚，進行防寒保温。若來不及加扣小拱棚，可用塑料薄膜在辣椒棵上再覆蓋一層以免凍壞植株，保證幼果生長。
4、在晴天中午時還應在背風處進行短時間放風，排除棚內有害氣體，補充氧氣和二氧化碳，降低棚內温度，減少病害發生。
