防治香菜菌核病要實行輪作，加強放風以創造一個不利於菌核病菌發展的環境條件，也可以用藥物進行防治。
可將香菜與糧食作物進行2-3年的輪作，也可和水稻或水生蔬菜輪作1年，將種植地內的殘枝病葉、雜草等集中燒燬。
發病前可用3.3％特克多煙劑進行防治，每隔7天薰1次，發病初期則可噴42％特克多懸浮劑1000倍液進行防治。
一、香菜菌核病的防治技巧
1、農業防治
（1）實行輪作或高温防治病地實行與糧食作物進行2-3年的輪作，或與水稻或與水生蔬菜輪作1年。保護地病地不可輪作的，可採取高温防治，方式是：
①在三夏高温期間，先清潔田園，殘枝病葉、雜草，帶出田外深埋或燒燬。
②每畝施石灰50-100千克，加碎稻草或麥芋子500千克，均勻施在地表，馬上翻入土中，起高壟30釐米左右，壟溝裏灌水，直至飽和，為了使壟溝裏始終有水，要天天灌水。
③鋪蓋地膜，四周用土封嚴，密閉棚、室15-20天。此法不僅可殺死下部分菌核，而且還可殺死鐮刀菌、根結線蟲等病菌。
（2）無病土育苗應選大田土或草炭土進行育苗，並加強管理，培育出無病壯苗。有條件的，種植過蔬菜的苗牀，可用地熱線育苗，在播種前將苗牀的温度調到55-56℃，處理2小時，即可殺死苗牀土壤中的菌核。然後降温，播種，正常育苗。
（3）選用無病種子從無病株上留種。對混有菌核的種子，可用10％鹽水漂洗種子，淘核。然後用清水反覆沖洗種子，晾乾後播種。也可以用温水50℃浸種10分鐘(保持温度)，可殺死混在種子中的菌核。
（4）加強放風保護地種植的要加強放風，降低濕度，創造一個不利於菌核病菌發展的環境條件。
（5）鋪蓋地膜地膜可阻擋子囊盤出土，如果用紫外線阻斷膜覆蓋地面，效果更佳，由於此膜可抑制菌核萌發。
（6）清潔田園田間發現病株，應及時拔除，可減少病菌在田間傳播。
2、無公害農藥防治
（1）保護地種植的，發病前用3.3％特克多煙劑，每畝每次250克，分放4-5個點，傍晚進行，密閉煙燻，隔7天薰1次，連續薰5-6次。
（2）發病初期，也可噴42％特克多懸浮劑1000倍液，隔7天噴1次，連噴3-4次。
二、香菜四季都能種嗎
1、香菜一年四季都可以種植，但是較為適宜的種植季節為春秋兩季。通常種植香菜時應選擇土壤疏鬆、富含有機質、排灌方便的地塊，當前茬作物收穫後要及時翻土，深度為15-20釐米，並且讓其風化曬垡2周以上。
2、然後每畝撒施腐熟的優質農家肥4000-5000公斤、複合肥10-15公斤作基肥，耕耙後做成畦面，兼作人行道。
