農業防治：選擇抗病能力強的西瓜品種進行栽種，並與十字花科作物實行三年以上輪作。栽種時，採用高畦栽培，避免田間濕度過高。
化學防治：西瓜幼苗真葉展開後，使用噻菌銅+精甲咯菌腈進行灌根。西瓜生長後期時，葉面噴灑咪鮮胺＋苯醚甲環唑進行預防。發病初期時，噴灑或澆灌50%甲基硫菌靈可濕性粉劑500倍液或50%多菌靈可濕性粉劑500倍液。
一、西瓜爛根如何處理
1、危害症狀
（1）西瓜爛根一般是患有根腐病。
（2）定植後始見發病，發病初期晴天中午出現暫時性萎蔫，初期還能恢復；後終因不能恢復而枯死，拔出根莖部可見水浸狀褐色病變，剖開病根脛腐爛部已變色，嚴重的僅留下絲狀輸導組織，莖蔓內維管束一般不變褐。
2、防治方法
（1）選用耐寒和耐雨水的西瓜品種，有條件的與十字花科、百合科作物實行3年以上輪作。
（2）採用高畦栽培，認真平整土地，防止大水漫灌及雨後田間積水，苗期發病要及時鬆土，增強土壤透氣性。
（3）科學管理水分，防止水分過多，過量，避免高濕條件出現，可減少發病。
（4）西瓜幼苗真葉展開之後，可以使用噻菌銅懸浮液配合精甲咯菌腈懸浮種衣劑進行灌根防治，可以灌根2-3次左右。
（5）在西瓜進入生長後期的時候可以使用咪鮮胺水乳劑＋苯醚甲環唑水分散粒劑（或者戊唑醇水分散粒劑＋噻菌銅懸浮液）進行葉面噴灑，可以每隔7-10天的時間噴灑一次，需要連續噴灑2-3次就可以對根腐病起到預防的作用。
（6）發病初期噴灑或澆灌50%甲基硫菌靈（甲基託布津）可濕性粉劑500倍液或50%多菌靈可濕性粉劑500倍液、60%防黴寶超微可濕性粉劑800倍液、50%苯菌靈可濕性粉劑1500倍液，採果前3天停止用藥。
二、西瓜根腐病的傳播途徑
1、以菌絲體、厚垣孢子或菌核在土壤中及病殘體上越冬。
2、尤其厚垣孢子可在土中存活5～6年或長達10年，成為主要侵染源，病菌從根部傷口侵入，後在病部產生分生孢子，借雨水或灌溉水傳播蔓延，進行再侵染。
3、高温、高濕利其發病，連作地、低窪地、粘土地或下水頭髮病重。
