主要使用藥劑防治辣椒根部病害，及早發現、及時用藥防治發病，同時也要堅持合理輪作、加強棚室管理、勤清理田園等綜合防治。
可用甲基硫菌靈、多菌靈、甲霜靈錳鋅等灌根，青枯病可用綠乳銅、代森錳鋅、百菌清等灌根，疫病可用甲霜銅、甲霜靈錳鋅、普力克水劑等灌根。
每次每株灌0.5kg，7天灌1次，連灌3-4次，
一、如何防治辣椒根部病害
1、除了堅持合理輪作、加強棚室管理、注意清理田園等農業防治方式，要做好藥劑防治。
2、對辣椒根部病害要早發現、早防治，抓住發病初期及時用藥防治。
3、通常防治根腐病可用50%甲基硫菌靈可濕性粉劑500倍液，或50%多菌靈可濕性粉劑600倍液，或50%甲霜靈錳鋅可濕性粉劑600倍液，或綠亨二號500倍液灌根，每次每株灌0.5公斤，可7天灌1次，連灌3~4次。
4、對青枯病可用綠乳銅600倍液，或70%代森錳鋅500倍液，或75%百菌清可濕性粉劑600倍液灌根，每次每株灌0.5公斤，可7天灌1次，連灌3~4次。
5、對辣椒疫病可用50%甲霜銅可濕性粉劑500倍液，或50%甲霜靈錳鋅可濕性粉劑500倍液，或72.2%普力克水劑600~800倍液灌根，每次每株灌0.5公斤，可7天灌1次，連灌3~4次。
6、注意藥劑要交替使用。
二、辣椒根系有多深
1、辣椒屬於淺根系作物，羣根主要分佈在辣椒植株深度為10-15cm的土壤之中，根系不發達，主根粗、根量少、根系的生長速度緩慢是其主要表現，當長有2-3片真葉時才有較多二次側根。
2、育苗、分苗不宜過遲，小苗移栽可以減小傷根的程度，定植選擇陰天的傍晚，栽種的同時澆定根水，再覆膜，確保土壤的濕潤利於根系的生長。
