因地制宜：硫高的土壤和鏽水田能殺死病菌，因此不用施生物菌肥，翻漿的水田採用噴霧的方式即可。
因温制宜：菌肥低於5℃或高於45℃時效果較差，對於乾旱的地塊不宜使用。
因量制宜：多年施用化肥的田塊不宜驟減化肥和有機肥的使用，可逐年遞減。
因時制宜：在作物的營養臨界期和營養大量吸收期前7-10天施用效果最佳。
一、菌肥施用注意事項
1、因地制宜
對含硫高的土壤和鏽水田，不宜施用生物菌肥，由於硫能殺死生物菌。對於翻漿的水田，通常不用撒施，用噴霧的方式效果更明顯。
2、因温制宜
施用菌肥的温度是25℃～37℃，低於5℃，高於45℃，施用效果較差。對高温、低温、乾旱條件下的農作物田塊不宜施用。同時還應掌握固氮菌適宜土壤的含水量是60％～70％。
3、因混制宜
應注意，不應將菌肥與劑、殺蟲劑、除草劑和含硫的化肥（如硫酸鉀等）以及稻草灰混合用，由於這些藥、肥非常容易殺死生物菌。或者先施菌肥，隔48小時後，再打藥除草。若拌種，切忌和已拌好劑的種子混合使用。還應避免與未腐熟的農家肥混肥。
4、因量制宜
對於多年來施用化肥的田塊，施用生物菌肥時不可大量減施化肥和有機肥，因農作物對化肥產生了依賴性，用生物菌肥取代氮肥不能一下子適應，因此，其取代量應做到、第二、第三年分別取代30％、40％和60％，磷、鉀肥只能補足，不可減少。
5、因時制宜
生物菌肥不是肥，在作物的營養臨界期和營養大量吸收期前7～10天施用，效果。
二、菌肥的執行標準
1、微生物接種劑（農用微生物菌劑）：液體大於等於2億每毫升，粉劑大於等於2億每克，顆粒大於等於1億每克。
2、複合微生物肥料：液體大於等於0.5億每毫升，粉劑大於等於0.2億每克，顆粒大於等於0.2億每克。
3、生物有機肥：有效活菌數大於等於0.2億每克。
