黃瓜的種子呈披針形，扁平狀。種子成熟度對發芽率有很大影響。從雌花授粉至種瓜採收需要35～40天，在秋冬冷涼條件下還要長些，才能保證種子成熟。新採收的種子都有一段休眠期，所以用新種子播種，往往出苗慢且不整齊。播種時最好用隔年的種子，這樣才能做到出苗早，整齊一致。黃瓜的種子壽命因貯藏條件而異，一般2~5年不等。
黃瓜種子的千粒重為22～32克。種子發芽最適温度為25℃～35℃。浸水膨脹後的種子可以經受-8℃的低温長達9天而不失去發芽能力。幹籽的耐熱性更強，例如，將幹籽經50℃温度處理3天后，再置於80℃温度下處理1天，可以防治黃瓜病毒病。有些黃瓜病害，例如為害很大的枯萎病、炭疽病、黑星病、黃瓜花葉病等，是通過種子傳播的。所以嚴格地講，種子在播種前，應該採用物理方法和化學方法進行消毒處理，以防止病害傳播。
