番茄根腐病主要危害番茄根部，起初在主根和莖基部產生褐斑，後慢慢擴大凹陷，嚴重時主根變褐腐爛，導致地上部慢慢枯萎。
番茄根腐病可在其全生育期都會發生，以幼苗期和花果盛期最為嚴重。西紅柿苗期發病時，會在幼苗的莖基部或根部產生水漬狀病斑，進而圍繞莖或根系擴展，引起幼苗枯亡。成株期發病，初期表現為莖基部或根部有水漬狀褐色斑點，地上植株並沒有明顯的症狀。病斑繼續擴大後，會凹陷，地上部開始出現長勢變弱，萎蔫現象，植株下部葉片先由葉尖開始逐漸變黃，後期病斑圍繞莖部或根部一週後，水分和養分運輸受阻，從而導致地上部枯萎，下部葉片枯黃，上部葉片仍呈綠色。
番茄植株最初葉片從下向上逐漸萎蔫，似缺水狀，中午更為明顯，早晚尚能恢復。數日後葉片由下向上逐漸發黃，全株葉片萎蔫，葉片灰綠，不能恢復常態。病株根部先期發黃，進而變褐，直至腐爛。剖開莖部其維管呈褐色，植株變矮，生長緩慢，果實變小，根腐病病菌為害番茄植株的根部，主要侵染主根和次生根，對於分佈較廣的毛細根則為害相對較小。
主要危害番茄根部，病初在主根和莖基部產生褐斑，後逐漸擴大凹陷，嚴重時主根變褐腐爛，導致地上部逐漸枯萎。
