一、嚴格隔離
雖然辣椒是常異花授粉作物，但辣椒花易吸引昆蟲，容易引起混雜，影響種子質量。因此，辣椒制種田與其他辣椒品種隔離距離要求在500米以上。
二、適期播種
辣椒花粉萌發的最適温度為20℃-25℃，故應通過調節播種期和控制温度來培育適齡秧苗。為使親本在雜交適期能達到盛花期，可採用冷牀育苗，早熟和中熟品種於11上旬播種，晚熟品種於10月中旬至下旬播種，使其在5月中下旬能很好地開花並順利授粉。
三、苗牀管理和定植
親本於12月上中旬假植於營養缽內，分苗牀培育到2月下旬。觀察父本生長情況，要求父本開花早於母本。如父本生長偏慢，則應提高牀温，方法是減少通風次數和時間，或將父本移於塑料棚內加強管理，以促進發育。若用電熱温牀，則可適當控温，達到理想的苗齡。定植時期一般應在晚霜期過後，氣温回升穩定，否則易遭遇凍害。定植應選擇晴天、土壤較干時進行，定植後馬上澆足根水。定植密度與品種密切相關，母本栽植距離宜稀，一般採用寬窄行，寬行行距75-80釐米，窄行40-45釐米，株距35-40釐米。父母本的種植比例一般為1∶3。
四、田間管理
1、追肥。辣椒追肥要根據不同生育階段的特點進行。第一，要施足基肥，一般以廄肥為好，每公頃60000-75000公斤，或施腐熟的餅肥3000公斤。第二，開花前輕施苗肥，一般在定植7-10天后，可追施糞肥穩苗，肥液濃度要低，以一成稀為好。第三，授粉前穩施花肥以促進植株分枝、開花、坐果。每公頃可施入二成稀畜糞尿7500公斤，另加氮、磷、鉀複合肥150公斤。第四，要重施果肥以保證果實充分膨大和種子發育的需要，一般每公頃施複合肥375公斤，增施磷、鉀肥各150公斤。
2、灌水。前期不要經常灌溉，避免地温低，影響前期苗的正常生長。後期處於高温乾旱季節，應及時在晚上灌水。辣椒喜水怕澇，因此要注意及灌及排，灌水不要漫過畦面，灌水後可適當追肥。
3、病蟲害的防治。辣椒制種常見的病蟲害有瘡痂病、病毒病、疫病、炭疽病等，害蟲有煙青蟲、斜紋夜蛾、棉鈴蟲等，防治方法同常規栽培，用藥濃度可稍高。
4、去雜去劣。拔除雜株、劣株是辣椒授粉開始前的首要工作。遵循寧可錯拔、不可漏拔的原則，以確保雙親純度。
五、去雄授粉
1、母本植株的整理。去雄授粉前，必須對母本植株進行整理，將植株上所有已經開放的花全部摘除，同時摘除門椒以下所有分枝和內部瘦弱，發育不良的枝條。
2、母本去雄。母本植株在發棵長旺時才開始雜交。最好從2-4層花開始選擇第二天將要開花的花蕾，於當天下午5時以後去雄，用尖頭鑷子輕輕撥開花苞，夾去六枝雄蕊，切忌傷害柱頭和子房，也可採用留半冠，無花冠的方法，去雄速度快，結果率也較高。
3.父本採粉。於授粉前一天上午或當天上午7-10時，採集成熟的未開裂的花葯於乾燥器內乾燥，以備授粉之用。
4、人工授粉。一般在上午7-10時為宜，可用毛筆或橡皮頭沾花粉，輕輕塗於已去雄的柱頭上。如遇雨天，雨後再授粉1次。為防止假雜交果，雜交時可把花柄基部葉尖去掉，坐果後在果柄上拴一色線做標記，一般以每株授粉30-50朵花，結果20個左右為宜。植株發棵大，結果能力強的也可多留。
六、果實採收及採種
大約在授粉後50-70天果實充分成熟時即可採收，採收前，應再拔除雜株；採收時注意看標記，只能採收有標記的果實，並要嚴防機械混雜；採收後的果實在太陽下曬1天，使果實變軟，便於取種。取出的種子應立即進行乾燥處理，否則會變成灰色、黑色，失去光澤，影響種子外觀質量。
