工廠化養魚放養密度大、生長速度快、養殖產量高，對水交換的要求很高。調節好水質，不僅能夠節約水資源，還能大大降低用電量，進而降低養殖成本，提高生產效益。在水質調控方面一般使用以下的方法。
1、選用良好的水源
水源必須潔淨、無污染，符合國家漁業用水標準。利用地下海水還必須保證水質良好、鹽度合適，並經過充分曝氣後再使用。
2、嚴格處理
海水必須經過沉澱、砂濾、網濾等程序，以保證水質清潔、不含敵害生物和病原菌，有條件還可以對海水進行紫外線照射消毒、臭氧消毒等。
3、機械增氧
機械增氧是增加水體溶解氧、改良水質的重要措施之一，常用機械為各種增氧機、空壓機、液態氧充氣裝置等。要根據不同情況選擇不同的增氧設施，設置合理的數量。增氧機的開啟時間，應根據池水情況，尤其是放養的密度、溶解氧水平、水流量的多少、添換水的情況、池底污染狀況等確定充氧的時間和氣量的大小。
4、換水和清污
根據養殖操作規程和具體生長情況，合理調整換水量。同時要及時清除池底和池壁的殘餌、糞便、附着物等污物，保持池底的清潔，減少污染。換水或流水要採取有效措施，保證池內、外的水温、鹽度等理化指標的一致。
5、合理養殖密度
放養密度要適宜，必須根據池水交換、產量設計、養殖技術、病防措施、水源水量和質量等具體情況確定合適的放養密度，若放養密度過大，容易造成投餌量和排泄物的增多，使池水溶氧量降低，甚至帶來水質惡化。養殖密度的確定應該以質量優、效益高、產量多為原則。
6、加強投餌管理
不使用鮮活飼料及自制的幹、濕配合飼料，推廣使用對水產動物和人類安全的優質配合飼料，包括酶製劑和微生態製劑，不僅能提高飼料利用率，促進養殖生物的生長，還能夠減少殘餌的數量，減輕水質的污染，提高養殖用水的質量，降低養殖成本。所使用的配合飼料一定要符合《NY5072-2002無公害食品漁用配合飼料安全限量》的要求。
