用生物菌肥（也稱微生物菌肥）拌種有促進作物出苗和分櫱生長作用，能夠提高各主要器官幹物質積累量。在減少化肥用量同時用生物菌肥拌種處理的情況下，與常規施用化肥相比，產量和品質均高於後者，且可以改善土壤環境，但菌肥的施用方法也有很多講究，主要把好四關：
選用肥料關——質量低下、雜菌含量高或過期的產品不能施用。應選擇有可靠技術背景和技術來源、質量性能穩定的菌肥。
減少微生物死亡關——菌肥要避免陽光直射，拌種時應在陰涼處操作，拌種後要及時播種，並立即覆土。對於不同產品其微生物菌種的活性差異較大。另外，菌肥還應避免與有害農藥、化肥混合施用。
土壤環境關——土壤過分乾燥時，應及時灌澆，大雨後要及時排除田間積水，應改良土壤，合理耕作，提高土壤的通透性。應有針對性地補施微生物必需的礦質營養。
量體裁衣選擇菌肥關——有些菌肥只含有根瘤菌，那就只可在豆科作物上應用，有的菌肥只含鉀細菌（硅酸鹽菌肥），對缺鉀土壤和作物效果較好，但對氮、磷貢獻就太小了。而有些較好的菌肥還具有解磷、解鉀和固氮等多重作用，可以在各種作物上應用，增產增收效果明顯。
