大豆羞萎病的發生與栽培模式、施肥水平、氣候條件、施藥習慣等條件密切相關，為了有效控制大豆羞萎病的危害，遵照“預防為主、綜合防治”的植保方針，應用農業為主和化學為輔的綜合防治措施，控制病情的蔓延。
1、與非本科作物3年以上的調茬輪作。大豆地連種多年，嚴重破壞田間生態環境，土壤通透性差，微量元素與營養元素失衡，土壤微生物菌羣結構遭到破壞，致使大豆羞萎病等次生病害逐年加重。因此，有條件的地區進行與非本科作物3年以上的調茬輪作（最好是水旱輪作），以控制羞萎病的發生。
2、採取大壟栽培模式，加強田間排澇。大豆出苗期間低温持續陰雨，低窪地內澇成災，大豆植株長勢弱，抗逆性降低，羞萎病發生嚴重。應採取大壟栽培模式，選用排灌方便的田塊，開好排水溝，降低地下水位，達到雨停無積水；大雨過後及時清理溝系，防止濕氣滯留，降低田間濕度。
3、合理施肥，適當增施磷鉀肥。採用測土配方施肥技術，適當增施磷鉀肥，加強田間管理，培育壯苗，增強植株抗病力，有利於減輕病害。
4、輔助進行藥劑防治。種子消毒：用40%福爾馬林200倍液浸種30分鐘，然後衝淨晾乾播種或用種子重量0.4%的40%拌種雙拌種。田間噴藥：在發病初期噴施25%咪鮮胺水乳劑250毫升加43%戊唑醇懸浮劑50毫升/公頃、36%甲基硫菌靈懸浮劑600倍液或50%多菌靈可濕性粉劑600-700倍液。
