病菌以厚垣孢子附在種子外表或混入糞肥、土壤中越冬或越夏。當種子發芽時，厚垣孢子也隨即萌發，厚垣孢子先產生先菌絲，其頂端生6—8個線狀擔孢子，不同性別擔孢子在先菌絲上呈“H”狀結合，然後萌發為較細的雙核侵染線。從芽鞘侵入麥苗併到達生長點，後以菌絲體形態隨小麥而發育，到孕穗期，侵入子房，破壞花器，抽穗時在麥粒內形成菌癭即病原菌的厚垣孢子。小麥腥黑穗病菌的厚垣孢子能在水中萌發，有機肥浸出液對其萌發有刺激作用。萌發適温16—20℃。病菌侵入麥苗温度5—20℃，最適9—12℃。濕潤土壤(土壤持水量40%以下)有利於孢子萌發和侵染。一般播種較深，不利於麥苗出土，增加病菌侵染機會，病害加重發生。
水麥腥黑穗病主要是種子帶菌和病殘體在土壤中越冬侵染髮病。
小麥腹黑穗病主要是種子問題，要看種子是否本身帶菌。
小麥黑穗病的發生規律：小麥三種黑穗病均為真菌性病害，病原物分別為腥黑粉菌、散黑粉菌、條黑粉菌。
