以菌絲體、厚垣孢子或菌核在土壤中及病殘體上越冬。尤其厚垣孢子可在土中存活5～6年或長達10年，成為主要侵染源，病菌從根部傷口侵入，後在病部產生分生孢子，借雨水或灌溉水傳播蔓延，進行再侵染。高温、高濕利其發病，連作地、低窪地、粘土地或下水頭髮病重。
土壤濕度過大透氣性差較容易引發西瓜根腐病。
病菌以菌絲體、厚垣孢子或菌核在土壤中及病殘體中越冬。其厚垣孢子可在土中存活5—6年或長達10年，成為主要侵染源，病菌從根部傷口侵入，後在病部產生分生孢子，借雨水或灌溉水傳播蔓延，進行再侵染。高温、高濕利其發病，連作地、低窪地、黏土地發病重。
西瓜根腐病主要為害瓜根和莖基莖部，很少為害上部的莖蔓，一般在定植後開始發病，初呈水浸狀，後呈淺褐至深褐色腐爛，病部縊縮不明顯，病部腐爛處的維管束變褐，不向上發展，後期病部往往變糟，留下絲狀維管束。病株地上部初期蔓尖微卷上翹，生長緩慢，後葉片中午萎蔫，早晚尚能恢復。嚴重的則多數不能恢復而枯死。
土壤濕度過大、透氣性差、較容易引起西瓜根腐病。
