1、注意選擇藥劑的劑型藥劑浸種用的是藥劑的稀釋液，所用藥劑一定要溶於水。不能用粉劑浸種，因為粉劑不溶於水，藥粉浮於水面或下沉，種子沾藥不勻，達不到浸種滅菌的效果。
2、準確配製藥液浸種所用的藥劑濃度是根據種子重量計算的，一般按照藥劑的有效成分含量或製劑量計算。浸種的藥劑濃度一般和浸種時間有關，濃度低時浸種時間可略長一點，濃度高時浸種時間要縮短，如果不準確掌握好濃度，就容易發生藥害或降低浸種效果。
3、掌握浸種時間藥劑浸種有一定的時間要求，時間過長會產生藥害，過短則達不到消毒的目的。具體浸種時間要根據藥品使用説明進行操作。
4、浸過的種子要衝洗和晾曬對藥劑忍受力差的種子在浸過後，應按要求用清水沖洗，以免發生藥害。如果沒有具體説明浸後水洗的就不必水洗。不論需要還是不需要水洗，一般浸後都應攤開晾乾，但有的也可以浸後直接播種，這要根據農藥種類和土壤墒情而定。
5、藥液面要高出種子在浸種時，藥液要高出種子16釐米以上，以免種子吸收膨脹後露出藥面，降低浸種效果。
6、充分攪拌種子放入藥液中要充分攪拌，以排除藥濃內的氣泡，使種子與藥液充分接觸，提高浸種效果。
