施肥過量或者距離根系太近，以及樹盤長時間積水等原因，都會導致櫻桃樹爛根。另外，噴灑草甘膦等除草劑也會導致櫻桃樹爛根。
主要是土壤積水使根部缺氧,從而導致根呼吸受阻。
櫻桃樹爛根的主要原因是澆水太多，土壤透氣性較差，另外施肥過量或者施沒有腐熟的有機肥等也會導致爛根。
櫻桃樹爛根的原因主要有水澇爛根、凍害爛根、肥害、蟲害等乾枝死樹四種。
使用未腐熟的有機肥在施肥時，有機肥施用過少，而氮肥施用過多，就會導致樹勢變弱，在樹勢變弱的情況下就容易發生根腐病。土壤的透氣性差在定植的時候，栽植的過深，土壤的透氣性差，導致櫻桃的根系活力過低，在這種情況下就很容易引起病菌的入侵，造成根腐病的發生。水澇爛根櫻桃樹既不耐寒也不耐澇，根部長時間積水，造成缺氧，從而導致根系呼吸受阻，大部分吸收根變黑死亡，嚴重者葉片邊緣出現黑褐色枯死。根部蟲害導致的根腐病。凍害爛根晚秋或早春較長時間的凍害，會導致櫻桃發芽和開花較晚，根部形成曾受凍容易導致根腐病的發生。
