1、市場銷售的多菌靈多為50％的可濕性粉劑和40％的膠懸劑。不論哪一種劑型都應選用優質產品，還要注意產品的有效期，生產日期為一年以內的最好，超過這個期限的應酌情增加用量，完全失效的杜絕使用。
2、多菌靈對毛黴、根黴的防治效果較差，在使用多菌靈時應適當提高培養料的pH值，以抑制毛黴、根黴的生長。由於多菌靈耐高温，使用時最好將培養料進行發酵、高温滅菌處理，以殺滅黴菌。銀耳、木耳、猴頭菇對多菌靈特別敏感，要避免使用。
3、用多菌靈拌料，應嚴格控制藥液的濃度，一般用含量為50％的粉劑，以佔料乾重的0.1％即可殺死和抑制雜菌生長；若加大用量，不但成本增加，還會影響菌絲生長，導致子實體污染。拌料時，要先把藥劑溶入足量水中攪拌均勻，拌入料後還要拌勻，以免發生點片污染。
4、多菌靈在鹼性環境中容易分解失效，因此拌料時不能同時使用石灰，更不能把多菌靈、石灰混合液久置。另外，多菌靈易使雜菌產生抗藥性，所以應避免長期使用，可交替使用其他殺菌劑。
