主要為害葉片，也可侵染莖、莢和種子。帶病種子長出的幼苗的子葉上，可現半圓形或圓形深褐色稍下陷的病斑，天氣乾旱時病斑停止發展，低温多雨時，病斑可，繼續蔓延至生長點，導致幼苗枯死。在成株葉片上病斑多呈圓形，或不規則形，直徑1～5mm，邊緣褐色，中部灰色或灰褐色。病斑背面密生灰色黴層，嚴重時病斑遍佈整個葉片，互相合並，使病葉乾枯早落。莖上病斑紡錘形，邊緣深褐色或黑色，中部為黑灰色稍凹陷。莢上病斑亦為圓形或橢圓形，稍下陷，顏色與葉斑相似，因豆莢表面多毛，故肉眼常不易見到黴層。種子上的病斑圓形，灰褐色，邊緣深褐，輕病籽粒僅現褐色不規則小點。
大豆灰斑病對大豆葉、莖、莢、籽實均能造成危害，以葉片和籽實最重。子葉上病斑圓形、半圓形或橢圓形，深褐色，略凹陷。葉片上病斑多為圓形、橢圓形或不規則形，病斑中央灰白色，周圍紅褐色，與健部分界清晰。
