微生物農藥是指應用生物活體及其代謝產物製成的防治作物病害、蟲害、雜草的製劑。在當前大棚蔬菜無公害栽培中，微生物農藥已經越來越受到重視。為了提高微生物農藥的使用效果，菜農在其使用時要注意以下幾點。
首先，温度要把好關。微生物農藥在使用時温度不可過低。有些菜農在使用微生物農藥時，不注意環境因素，而是選擇在氣温較低的天氣條件下使用，甚至在冬天和早春寒冷的天氣條件下使用，故沒有達到預期的防治效果。這是因為，生物農藥使用時都要求較高的温度。試驗表明，在25℃-30℃之間，噴施後的微生物活體農藥防治效果要比在10℃-15℃之間的高出1到2倍。
其次，棚內要達到一定的濕度。如白僵菌，作為真菌殺蟲劑，製劑主要含白僵活孢子，乾燥環境下不易存活。而白僵菌施用後通過直接接觸蟲體，或被害蟲吃入消化道，在相對濕度60%之上孢子萌發，在害蟲蟲體內進行繁殖，產生白僵菌素等，導致害蟲緩慢死亡。死亡蟲體上的菌絲和分生孢子，通過接觸或藉助於氣流又傳播至其它健康蟲體上侵染，從而造成流行，引起大量個體死亡。
再次，要避開強陽施用。在高温、強太陽光的中午使用，藥效不佳。微生物活體農藥，最怕強太陽光照射。太陽光中的紫外線對芽孢有着致命的殺傷作用，而且紫外線的輻射對伴孢晶體還能產生變形降效作用，因此要選擇在下午4點鐘以後或者陰天使用，效果會大大提高。
另外，不可與殺菌劑混用。如塊狀耳黴菌，作為一種真菌殺蟲劑，藥效是通過塊狀耳黴菌的活孢子作用來實現的。但作為一種活體真菌，如果與殺菌劑混用，它們被殺菌劑致死，自然失去殺蟲、殺菌的作用。
