胡蘿蔔分叉是主根(肉質根)生長受到抑制而不定根生長的結果。正常情況下，不定根只有吸收水分和養分的作用，但如果胡蘿蔔的主根受到破壞或生長受阻，不定根就會累積養分而膨大。具體原因如下：
1、種子質量
陳種子生活力較弱，發芽不良，影響到幼根先端的生長，有的胚根受到破壞，易產生分叉;雨季收穫的種子由於授粉不良，易形成無胚或胚發育不良的種子，播種這些種子，肉質根易產生分叉。
2、土質及耕作方面
土壤犁翻太淺，底層土壤過硬，同時在深耕過程中沒有將石頭、樹根、瓦片、塑料硬物清除。
3、施肥
施肥過量或施肥不均勻，有可能導致胡蘿蔔根尖部位土壤EC值過高，主根的根尖受高濃度的土壤離子濃度影響而促使不定根生長引起胡蘿蔔分叉;有機肥未充分腐熟，未完全腐熟的有機肥中含尿酸的量較多，既會灼傷主根，又會使側根因受到刺激而長出;另外，基肥施得不均勻，也同樣會阻礙主根的伸長。
4、管理不當
澆水不合理，在胡蘿蔔主根膨大期如果遇乾旱天氣而不澆水，會使土壤過度堅硬而主根下扎不下去形成分叉，這點在澆水時澆不透水或地勢較高處分叉現象表現尤其明顯。
5、地下害蟲為害
螻蛄、蠐螬等地下害蟲對胡蘿蔔的主根咬食，使主根受到破壞，促使不定根生長造成分叉。
