肥料有着很多的種類，不同肥料的效果和施用方式也各不相同，微生物肥料的施肥應該根據不同種類來選擇相對應的施肥方式和合適的施用量。
複合微生物肥可作基肥和追肥，每畝施用量10～20公斤；稀釋500倍作葉面肥，按產品説明書要求噴施。
生物有機肥可作基肥和追肥，作基肥時每畝施用量約100公斤，配施適量農家肥；作追肥用量適當減少，比化肥提前7～10天施入，且應配施適量化肥。
農用菌型每畝用2公斤固態菌劑與40~60公斤腐熟有機肥混合均勻後作基肥、追肥或育苗；將固態菌劑與營養土摻勻製作營養缽，或與稀泥漿混拌，在苗木移栽前蘸根；播前將種子浸入10～20倍菌劑稀釋液或用稀釋液噴濕。使種子與液態生物菌劑充分接觸後再播種；幼苗移栽前將根系浸入稀釋10～20倍的液態菌劑中，然後立即取出，或用上述稀釋液噴濕幼苗根系；將菌劑稀釋100倍後用於灌根或衝施；將菌劑稀釋500倍作葉面肥。
當土壤氮、磷、鉀養分含量較高或大量施用氮、磷、鉀化肥時，根瘤菌、解磷、解鉀菌肥的效果下降，甚至受到抑制，例如氮肥施用過量就會抑制根瘤菌的活動，降低根瘤的固氮作用。
