牛蒡一旦病蟲防治不及時，會使質量和銷售價格受到影響。牛蒡的病害主要是白粉病，在葉片上生出很多，呈粉黴狀斑，應在發病初期用20％的粉鏽寧1000倍+500倍新高脂膜噴霧。褐斑病主要發生在土壤表面與根莖相接處，或在葉片上產生不定型的褐色病斑，使病苗枯死，發病初期可用波爾多液200倍+500倍新高脂膜噴灑根莖。在管理過程中還要注意防止土壤濕度過大。
牛蒡的主要害蟲是蚜蟲，集中在心葉為害，可用40％的樂果1000倍液+500倍新高脂膜噴霧防治，或用10％的吡蟲啉可濕性粉劑3000倍液+500倍新高脂膜噴霧，即可收到良好的效果。
