小型西瓜由於品種花色多、生育期短、易於攜帶等優點，日漸成為市場熱點，大棚栽培可將上市期調節到五一或十一，經濟效益十分可觀。但是由於大棚內空氣濕度高，栽培密度大，通風透光條件不如露地栽培，更易發生病害，嚴重影響西瓜的質量和產量，從而影響了經濟效益。大棚小型西瓜的主要病害有枯萎病、炭疽病、菌核病、霜黴病、白粉病等。
1.枯萎病：又稱蔓割病、萎蔫病，是瓜類的主要病害。
防治方法：可與非同類作物輪作4～6年，播種前採用種子消毒，使用未種過瓜類作物的土壤進行育苗；發現枯萎病及時拔除病株燒燬；用50%的多菌靈可濕性粉劑500倍，每株灌藥液300～500ml，每隔7～10天1次。
2.炭疽病：炭疽病在西瓜整個生育期均可發生，以中、後期發病最重。
防治方法：要進行種子消毒，使用未種過瓜類作物的土壤育苗；苗牀和大棚栽培期間要加強通風降濕管理，注意田間排水；發病初期要用50%的多菌靈可濕性粉劑500倍液噴霧，連續3～4次。
3.菌核病：瓜類菌核病在西瓜苗期到成株期都可發病，瓜果和莖蔓受害較重，葉片較輕。
防治方法：用10%鹽水浸種，汰除菌核，再用清水洗淨後晾乾播種；及時通風排濕，延長通風時間。特別在連綿陰雨時只要不下雨就應及時揭膜通風，降低濕度，並適當延長植株澆水間隔期；及時拔除病株或摘除病葉，拿到棚外集中銷燬，防止再侵染；合理密植，施足腐熟基肥，勿偏施氮肥，增施磷、鉀肥，增強植株抗病能力。藥劑防治：在瓜類盛花期或發病初期噴藥，連噴3～5次，每次間隔5～7天，藥劑可選用40%菌核淨1000～1500倍液，50%多菌靈可濕性粉劑500倍液。
4.霜黴病：西瓜霜黴病主要危害葉片，全生育期均可發病。
防治方法：西瓜栽培期間要注意保持通風透光；雨季做好開溝排水工作，防止畦面積水，降低地下水位。發病初期要及時用藥防治，可用58%甲霜靈錳鋅可濕性粉劑500倍液，每隔7～10天噴灑1次，連續防治2～3次。
5.白粉病：又稱白毛病，是瓜類作物的常見病害。
防治方法：要注意選擇抗病品種，加強温室通風管理。在發病初期，用15%粉鏽寧可濕性粉劑1000倍液，每隔7天噴霧1次。
